1、两者适用的情形不同。根据《执行立结案规定》17条，适用终结执行有13种情形。根据民诉解释519条，终本适用只有一种情形：被执行人确实无财产可供执行。
2、两者确立的法条依据不同。终结执行为民诉法257条所确立，终本为民诉解释519条所创设。在使用时，”终本“二字有固定的涵义，特指是终结本次执行程序的简称，而”终结执行“四字也有特定的涵义，两者使用时不要相混淆。
3、两者制度设计的目的不同。终结执行是因为正在进行的执行程序出现了不可能或没有必要继续进行的法定事由，法律规定法院可依职权裁定结案，而终本是为了探索执行实践中大量确实无财产可供执行案件的推出机制而创设出来的一种制度。
4、两者适用的宽严程度不同。只要出现《执行立结案规定》17条规定的17种情形时，执行法院可依职权直接作出终结执行的裁定。但终本适用时，为防止执行人员随意认定“无财产可供执行”案件，《执行立结案规定》第16条对“人民法院穷尽财产调查措施”规定了极其严格的认定条件，以避免损害申请执行人的正当权益。
5、结案后是否继续查控财产不同。以终结执行的方式结案的，虽然申请人的权益没有实现或没有完全实现，但由于执行程序没有必要或不可能继续推进，恢复执行的可能性微乎其微，所以执行法院不会对终结执行案件的被执行人继续采取财产查控措施。以终本方式结案的，执行法院将对其单独管理，仍然在一段时间内继续查控被执行人的财产，并实现对恢复执行案件的动态管理。
