（七）举证责任不同。自诉案件的举证责任规定为完全由自诉人承担，对于缺乏证据的自诉案件，人民法院有权限期自诉人补充证据，如果自诉人提不出补充证据，人民法院又无法调取和收集到必要的证据，应说服自诉人撤回诉讼，或者裁定驳回诉讼；而公诉案件的被害人只是就自己遭受犯罪行为直接侵害的事实和有关犯罪嫌疑人的情况向司法机关如实进行陈述和控告，至于收集和核对案件事实和证据以及查获犯罪嫌疑人是司法机关应尽的职责；被告人也没有证明自己有罪和无罪的责任，司法机关只有依照法定程序收集到确实充分的证据，才能对被告人提起诉讼和处以刑罚，由此可见，公诉案件的举证责任完全由公诉机关承担。
（八）刑罚处罚的轻重不同。自诉案件的刑罚处罚，一般都在三年以下有期徒刑、拘役或管制；而公诉案件的刑罚处罚可达十年以上有期徒刑、无期徒刑直至死刑。
（九）案件的可分性特点不同。自诉案件中的一个犯罪行为侵害了数个人的利益，受害人不只一人，而是数人，在这种情况下，其中任何一个受害人都有权单独向人民法院提出控诉，没有提起控诉的受害人，有权放弃诉讼。如果是数人共同对某一人实施某一犯罪行为，受害人有权对其中的一人或几人提起控诉，两种情形不管属于哪一种情形，受害人的控诉均应视为有效，不受限制；但公诉案件的情况恰恰相反，它具有一案不可分的特点，即一个被告人犯了数罪，或共同犯罪案件中的所有被告人，都必须一案审理，不能“一罪一审”或“一人一审”。
（十）审理期限的要求不同。根据刑事诉讼法第一百六十八条的规定，人民法院审理公诉案件应当在受理后一个月内宣判，至迟不得超过一个半月。重大的犯罪集团案件、流窜作案的重大复杂案件及交通十分不便的边远地区的重大复杂案件等，在上述期限内不能办结的，经省、直辖市、自治区高级人民法院批准或决定，审理期限可延长一个月。根据《解释》第一百零九条的规定，适用普通程序审理的被告人羁押的自诉案件的审理期限、延长审理期限的理由、批准或决定延长审理期限的机关及可延长的期限和公诉案件一致；但适用普通程序审理被告人未被羁押的自诉案件，应当在立案后六个月内宣判，有特殊情况需要延长审理期限的，由本院院长批准，可以延长三个月。
