必须严格按照法定程序执行扣押。关于扣押物证、书证的具体程序，根据刑事诉讼法规定，对于扣押的物品和文件，应当会同在场见证人和被扣押物品持有人查点清楚，当场开列清单一式两份，由侦查人员、见证人和持有人签名或者盖章，一份交给持有人，另一份附卷备查。清单上应当写明扣押物品、文件的名称、规格、特征、数量、质量、时间、地点以及文件的名称、编号等，并有侦查人员、见证人和持有人签名或者盖章;在特殊情况下，持有人无法到场的，可以由其亲属签名或者盖章。清单不得涂改，凡是必须更正的，应当有侦查人员、持有人和见证人共同签名或者盖章，或者重新开列清单。对扣押物证、书证规定严格的手续，一方面有利于保护公民的合法财产，另一方面更有利于保证物证、书证的证明力，真正起到经核实后能够作为定案根据的作用。比如，侦查人员在搜查中发现毒品并予以扣押，当场开列的清单记明了有关事项并有侦查人员、被搜查人和在场群众见证人在上面签名或者盖章，就可以证明该毒品从何时、何处搜出，从而证明被扣押毒品持有人非法持有毒品或者贩卖毒品的行为。如果没有上述清单并经有效签名盖章，就很难说明毒品的来源，不能起到证明犯罪的作用。因此，严格遵守扣押物证、书证的程序，可以防止办案中发生栽赃陷害等情况，也可以防止公民合法财产权利无故受到侵害。
对于扣押的物证、书证要妥善保管。对扣押的物品、文件首先要做好登记，然后分别情况入卷，予以妥善保管或者封存，不得使用或损毁。对能够证明案件事实的物证、书证，应当归入案卷;不能直接入卷的，应当拍照，将照片附卷，原物品、文件予以封存;对容易损坏的物证、书证，还应当采取拍照、录像、绘图等方法加以固定和保全。对于扣押的物品、文件，任何单位和个人都不得以任何借口进行毁坏、使用或者自行处理。
对于扣押的物品、文件，经查明确实与案件无关的，应当在3日内解除扣押，退还原主。
在勘验、搜查中发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪的各种物品和文件，应当扣押;与案件无关的物品、文件，不得扣押。在扣押时，应当注意全面、客观地分析物品、文件与案件有无关系、有什么关系，既要扣押能够证明犯罪嫌疑人有罪、罪重的物证、书证，也要扣押能够证明犯罪嫌疑人无罪、罪轻的物证、书证。
只有侦查人员才能行使对物证、书证的扣押权。扣押物证、书证是侦查机关行使侦查权力，通常情况下，往往是与勘验、搜查一起进行的，因此，只有公安、检察等依法行使侦查权的侦查人员才能扣押物证、书证，其他任何单位和个人都无权进行。而且，侦查人员在执行侦查任务时应当持有并出示有关证件，不是在侦查案件的时候，也不得扣押有关物品、文件。
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