1、农村土地承包经营权证到户率只有98.36%，离目标要求还差1.64%。虽然相差比例不大，但此项工作毕竟没有划上一个圆满的句号。其主要原因是部分村组的土地整理项目还没有完工，所以暂停了农村土地承包经营权证书的发放。
2、承包期内收回了2户农户的3亩承包地，收回承包地的理由是该2户农户均有一个子女考上了大学，所以村民小组按照惯例将这2户农户上大学子女的承包地收回村民小组出租。从法律角度看，这种做法并没有违背法律规定。问题是该2户农户有意见，认为大学生目前不包工作分配，学习期间又不能自食其力，反而增加了家庭负担，因此，在他们学习期间不应该收回他们的承包地。发包方凭惯例收回，承包方强调实际困难，双方争执不下，难以调和。
3、承包期内调整农民承包地的做法不完全是依法所作的调整，大多数情况是根据村民协议所做，甚至与法律规定相违背。长此以往，很有可能引发农村土地承包纠纷。
4、即使是自愿流转土地承包经营权的农户，绝大多数只履行了口头协议，没有签订规范的土地承包经营权流转合同，久而久之，势必埋下农村土地承包纠纷隐患。
5、随着农民珍地、惜地意识的越发浓厚，农村土地承包纠纷日益突出，引发纠纷的原因又越来越复杂，导致纠纷调解工作越来越难做。仅仅依靠村委会、乡镇农经部门和县农村经营管理站来承担纠纷的调解职能，力量单薄，力度不够，调解工作很难到位。
6、个别乡镇把农村土地突出问题专项治理工作看作是农经部门的事情，对此项工作的重要性认识不够;有的乡镇面对工作中出现的问题研究不深，办法不多，甚至出现畏难情绪;有的乡镇没有深刻领会和掌握农村土地承包法律法规政策精神，工作指导不力。
7、农村土地承包纠纷调解工作经费未列入各级财政预算，经费没有保障，开展工作缺乏活力，很难有创新举措。
