目的性原则。审计机关申请财产保全应当具有特定目的。一般情况下有三种目的：一是为了维护公共资产的安全，防止非法流失;二是为了后续形成的审计决定的顺利执行;三是为了保存审计证据，防止审计证据的灭失，便于审计取证。
合法性原则。审计机关申请财产保全应当具备法定申请条件，而且程序合法。法定申请条件包括：被申请人必须是依法审计的被审计单位;被申请人存在违法取得的资产;被申请人存在违法转移、隐匿违法取得的资产的行为。程序合法包括：申请时间必须是审计过程中，申请强制执行审计决定之前的审计机关认为合适的时间;必须向管辖地人民法院提出书面申请;必须向法院书面陈述申请财产保全的理由、事实根据以及申请保全财产标的的具体情况;按照受理法院的要求提供相应的担保。
谨慎性原则。审计机关申请财产保全应当遵循职业谨慎原则，防范审计风险。具体应做到：实施审计告诫，制止被审计单位的违法行为;必要时提前告本级政府;《财产保全申请书》必须经由审计机关主要负责人签发。
成本效益原则。审计机关申请财产保全应当考虑审计成本和效益因素。要综合考虑审计的时间、人力、费用以及违法财产价值金额等因素，决定是否申请财产保全;一旦决定申请保全，应当依法预交并按规定承担财产保全的申请费用。
适用调解原则。审计机关申请财产保全在法院裁定的保全措施效力期限结束之前应当适用调解原则。包括政府出面进行的调解、被申请人提供担保、审计机关自行提出的调解等。一旦达成调解，审计机关应当申请解除保全措施。
风险补偿原则。审计机关申请财产保全应当正确评估审计风险，承担风险补偿责任。参照《民事诉讼法》的规定，根据权利义务对等的原则对申请财产保全行为应当提供反担保。因审计机关行为错误或不当给被申请人造成经济损失的，要按《国家赔偿法》的规定承担相应的赔偿责任。
