第一，申请的条件不同。合同保全的条件是债务人的财产不当减少或不增加而给债权人的债权带来损害。而财产保全的条件是有可能因为一方当事人的行为或者其他原因，使判决不能执行或难以执行，或者造成国家、人民财产的进一步损失，使权利人的合法权益受到难以弥补的损失和造成无法挽回的遗患后果。
第二，合同的相对性规则不同。根据合同的相对性规则，财产保全债权人只向债务人提出申请，而不能向合同以外的第三人提出申请。合同的保全是合同相对性规则的例外。合同之债主要在合同当事人之间产生法律效力，然而在特殊情况下，因债务人怠于行使到期债权，或与第三人实施一定的行为致使债务人用于承担责任的财产减少或不增加，从而使债权人的债权难以实现时，法律为保护债权人的债权，允许债权人享有并行使代位权或撤销权，这两种权利的行使都会对第三人产生效力，此种现象可以看作是合同相对性规则的例外。
第三，保全的措施不同。财产保全的措施有查封、扣押、冻结、提取、扣留等。而合同保全的措施代位权或撤销权。所谓的代位权是指因债务人怠于行使其到期债权，对债权造成损害的，债权人可以向人民法院请求以自已的名义代位行使债务的债权；所谓的撤销权，是指因债务人放弃其到期债权或者无偿转让财产，对债权人造成损害的，债权人可以请求人民法院撤销债务的行为。
第四，适用的法律不同。财产保全，是程序法中制度，适用的程序法即《民事诉讼法》，必须依程序法所规定的措施，一般都需要由当事人提出申请。而合同的保全，只是实体法中的制度，适用的是实体法即合同法，它是通过债权人行使代位权、撤销权而实现的。
