1、历史遗留产生纠纷。土改时由于人少地多,分给个人的有空闲宅基地或多余宅基地,在“四清”时已经由当时的大队收归集体,并规划安排他人使用。但由于当时的法律不完善,手续不完备,收回时往往是几个主要村干部在场,既没有记录在案,也没有将老宅基证变更或注销。在后来的村庄地籍调查确权换证时,一些当事人要求政府依据其土改时老宅基证的面积进行确权换证,而另一方也持有后来颁发的宅基证并已建房居住多年,由此引起纠纷。
2、发证程序不规范产生纠纷。自成立国土管理部门以来,宅基证集中发放是1988年非农业建设用地清查后,为追求发证数量,将《集体土地建设用地使用证》(宅基证)套印好印章,由县里发到乡里,乡里发到村里,村里发到村民组。较负责任的,通过实地丈量、四邻签字、填写有关表格,建档立卷,但相当一部分村民组将证书发到本人手里,由本人填写。当时由于乡村干部和基层土地管理人员业务能力不强、素质不高,造成个别地方登记程序不规范甚至违规登记,致使权属不清、“一女二嫁”,有的还存在档案丢失现象。特别是新《土地管理法》实施后,乡镇政府对宅基地没有了审批权,但个别乡级政府存在以报代批、不报就批现象,甚至个别乡镇在宅基地安排上将停止使用的原版红皮土地证书发给群众,引发多种行政案件,造成很坏的影响。据了解,目前仍有当年的原版红皮土地证在乡村使用。
3、经济利益驱动产生纠纷。当前,城市化进程加快,在城镇大规模开发、“空心村”治理和新型农村社区建设过程中,需要拆迁部分农村的住房和征用土地,政府会对拆迁户建造安置房,对失地农民给予土地补偿款,这使得原本价值不大的农村土地身价倍增。面对诱人的经济利益,以前一些不太明显的纠纷浮出水面,而另一些人对他人的宅基地起了贪念引发纠纷。