第一，专利仲裁的专业性。在专利侵权纠纷领域，专业性要求往往比一般的民事争议更高，并且其专业性水平往往直接决定了案件的处理水平和解决纠纷的能力。
第二，更高的效率，更低的成本。接受行政处理的专利侵权案件，在进入司法审查后并不能节省时间；直接提起诉讼也常常会经历两审终审和审判监督程序，此外，由于法院严格的程序设置和较多的案件积压，诉讼程序也很难达到高效率。而仲裁程序一般在成立仲裁庭后9个月内就能结案，简易程序会在3个月内结案，更重要的是仲裁案件实行一裁终局，避免了一二审之间大量的时间耗损，不会出现案件久拖不决的情形。
第三，自主性与灵活性。相对于诉讼、行政处理等公力救济，仲裁更能体现当事人意思自治。自主性一直作为仲裁制度的价值，贯穿于仲裁制度的始终，从仲裁协议的达成到仲裁机构选择、仲裁员的指定、仲裁地点的确定、提交仲裁争议的范围、仲裁程序事项的确定等，当事人均可以自主决定，仲裁具有的这种高度的自主性是在公力救济中难以实现的。
第四，更好地避免司法腐败和地方保护。司法腐败和地方保护一直是司法制度中被广为诟病的，消除这些现象也一直是司法改革的方向；由于仲裁的市场性和管理的透明性，这一现象在仲裁中要相对更好，同时，由于当事人能够各自选择一名仲裁员，参与和监督案件的审理，也能更好地避免司法腐败。
第五，国际可执行性。仲裁裁决相比法院判决具有更好的国际可执行性。
第六，仲裁处理更有利于维持双方正常的商贸关系。专利侵权纠纷中，很多情况下双方都是贸易伙伴关系，由于双方当事人在仲裁中的对抗性远比在诉讼中小，仲裁对当事人当中可能存在的长期合作关系的损害程度最轻，采用仲裁的方式处理纠纷，更容易维持双方的合作关系。
