国际避免双重征税协定的缔结在于确定缔约国双方在行使各自的税收管辖权（无论是居民税收管辖权还是来源地税收管辖权）时所享有的国际权利和所应承担的国际义务，因而，它应得到缔约国双方的共同尊重和善意适用。
来源地国对跨国纳税人来源于其境内的跨国所得是否依协定行使来源地税收管辖权的争端主要是因为跨国纳税人与来源地国税务主管当局对以下五个问题的争议引起的：1、双方对于跨国纳税人是否在来源地国设立实际管理机构、是否构成来源地国的居民纳税人发生争议；2、双方对于跨国纳税人在来源地国的营业活动是否构成常设机构的设立发生争议；3、当双方均认为跨国纳税人在来源地国的营业活动构成常设机构的设立时，对于跨国纳税人来源于来源地国的跨国所得是否与该常设机构有实际联系发生争议；4、双方对于如何核定常设机构的收入、费用和利润发生争议；5、当跨国纳税人在来源地国的营业活动不构成常设机构的设立时，双方对跨国所得是否来源于来源地国、是否属于应税所得发生争议。
对于争端的解决，协定一般规定，跨国纳税人可以不考虑各缔约国国内法律的补救办法，将案情提交其居住国的税务主管当局，由当局在认为其所提意见合理且己方不能单方面圆满解决时设法同来源地国税务主管当局相互协商解决。⑴但是，由于相互协商程序规定的主要目的在于为缔约国双方提供协调彼此税收权益的一个约定途径，而非为跨国纳税人税收权益的救济提供必经的渠道，因而，程序只在双方的税务主管当局之间进行，跨国纳税人则被排除在程序之外，并且双方当局均无义务发动程序或为跨国纳税人寻求争端的公正解决。越来越多的跨国纳税人开始对程序表示不满，要求缔约国双方政府同意让其参与争端的解决，甚至要求来源地国政府同意以仲裁方式解决争端。少数国家，例如美国、德国、荷兰等国，开始在相互之间的协定中引入仲裁机制解决这类争端，但是，仲裁的双方当事人仍局限于协定的缔约双方，跨国纳税人的法律地位仍不确定。
仲裁相对于其它争端解决方法，具有以下优越性：
1、仲裁裁决是仲裁员基于争端当事双方的授权作出的。
争端当事双方的授权贯穿于仲裁程序的始终：首先，这种授权是仲裁程序的启动器——仲裁员依此授权加入对本争端的解决中来，仲裁庭依此授权组成。其次，这种授权为仲裁裁决的作出提供各种必需的“材料”——案情、仲裁程序规则和争端所应适用的实体法。当争端当事双方给予仲裁庭绝对的信任时，这种授权还表现为仲裁庭可选择自己认为合适的仲裁程序规则，选择他们认为应适用的法律冲突规则来确定争端所应适用的实体法，甚至可以选择按“善意公平”原则对争端进行仲裁。最后，这种授权赋予仲裁裁决约束争端当事双方的效力。仲裁裁决从实质上说，是争端当事双方通过对仲裁庭裁决争端的授权达成的解决争端的一种特殊契约。作为契约的任何一方当事人，均负有义务尊重契约，履行契约中约定的义务，这是仲裁裁决能够得以执行的法律基础。
