仲裁协议是当事人自愿将他们之间的争议交付仲裁的纠纷解决协议，反映了当事人对争议解决方式和争议裁判者的选择，是当事人意愿的载体。它的最大功能在于反映当事人的仲裁意愿，即表明双方当事人将纠纷交付仲裁解决的共同意愿。无论从仲裁理论的角度，还是从仲裁实践的角度看，当事人的意愿对仲裁协议的效力认定具有决定性的作用，充分尊重当事人通过仲裁协议所反映出的仲裁意愿是仲裁协议效力认定应遵循的基本原则。
仲裁制度建立在当事人意愿之上，当事人的意愿是仲裁制度最根本和最显著的特征。早在仲裁制度被国家法律承认之前，虽然当事人提交中立的第三者解决纠纷并不需要严格意义上的仲裁协议，并且，仲裁协议也不具有法律上的约束力。但当事人共同的仲裁意愿仍然构成了仲裁能否进行的基础。在仲裁制度被国家承认之初，虽然法院总是以厌恶和不信任的眼光看待仲裁，但在判定仲裁协议效力的问题上，当事人的意愿却被看做是认定仲裁协议效力的基础。英国1950年《仲裁法》虽然赋予法院对仲裁行使极大的司法监督权，并且根据该法第4条第1款，英国法院有权撤销仲裁协议，但法院也只是在例外的情况下行使此项权力。
目前，以仲裁方式解决纠纷尤其是商事领域的纠纷，日益成为诉讼外纠纷解决方式中最重要的组成部分。虽然现代仲裁已经失去早期的简单性而变得复杂化、法律化、机构化。但仲裁的实质并未改变，当事人的意愿仍然是仲裁中最重要的因素。尊重当事人的仲裁意愿，倾向于执行仲裁协议的政策在国际范围内已经普遍建立起来。1958年《纽约公约》经过40余年的发展已为世界上绝大多数国家所承认，1985年《示范法》自从颁布以来也被几十个国家和地区所采纳。在国际立法中，赋予反映当事人愿望的仲裁协议以法律效力的观念，已为各国普遍接受，并成为一项规则。就仲裁协议的内容而言，根据大多数国家的立法和实践，当事人只要表明仲裁意图，仲裁条款就是有效的。法院在解释仲裁条款时，对仲裁条款的内容放宽限制，尽量解释其为有效，尊重当事人的仲裁意愿并帮助当事人实现其仲裁意愿，已经成为当今国际仲裁的一大趋势。就仲裁协议的形式而言，由于仲裁协议所具有的妨碍诉讼等程序法上的效力，因而仲裁协议必须具备书面形式也成为国际、国内立法和司法实践所普遍接受的规则。然而仅仅以仲裁协议的形式不符合法律的强制性规范为由，否定仲裁协议的有效性毕竟有违契约自由的基本原则，也极有可能与当事人的仲裁意愿相冲突。为使当事人的意愿在更大的程度上得到尊重，放松对仲裁协议书面形式的严格要求已经成为一种新的趋势。
此外，自20世纪80年代以来，国际商事仲裁发展起了一种全新的理论，即仲裁的“非国内化”理论。该理论主张国际商事仲裁应当排除仲裁程序地国家法律的限制，在认定仲裁协议的效力方面表现为对当事人意愿的完全尊重。虽然该理论存在一定的局限性，也并未被普遍承认。但该理论表现出的对当事人意愿最大限度尊重的理念，仍具有重要的指导意义。与“非国内化”理论相适应，在现代国际商事仲裁实践中出现了直接依据当事人所表达的共同意愿以及公平合理等一般法律原则作为认定仲裁协议效力标准的案件，例如在KhomsEL.Mergebv.Dalico一案中，法国法院认为，仲裁条款受当事人的共同意愿支配，而没有必要依据某一特定国家的法律。从而依据当事人的意愿，确立了仲裁条款的效力。
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