传统的观点认为,仲裁协议也属于一种合同,而且是次合同性质。仲裁条款是含有该条款的主合同的不可分的一部分,主合同无效,合同中的仲裁条款也理应无效。因为有效合同是仲裁条款的基础。按照这种观点,如果在提起仲裁申请后的抗辩中主张主合同无效,仲裁员的管辖权就成为问题。这对于希望避开仲裁程序的一方当事人来说,只要提出合同无效的异议,就可轻而易举地达到目的。但在仲裁协议独立原则下,仲裁庭、仲裁员却可以不理会这方面的异议,就案件的实质问题进行审理,包括对主合同是否有效的问题进行审理,并最终作出裁决。
但是在订立合同的主体不合格的情况下,情况就更为复杂。例如主体是不具有民事行为能力的人,不具有签订合同的能力,也就不具有签订合同中某一条款的能力。这种情况下,其于签订合同和合同中的仲裁条款时均不具有行为能力,不能依据仲裁条款独立原则确立仲裁庭对主合同是否有效问题的审理权。而在不具备法人资格的法人下属机构对外签订的合同中订有仲裁条款的情况下,仲裁庭却可以对主合同是否有效的问题进行审理,包括裁决由法人承担其下属机构的责任。因为法人的下属机构虽无资格签订合同,但在意思表示上不存在障碍,这与自然人无行为能力的情况不同。为保护相对人的利益,应由有责任能力的法人承担其下属机构的责任,合同中的仲裁条款视为独立存在。
在我国还有一种学说认为仲裁条款是否有效依赖于主合同变为无效的时间。如果合同在签订时有效,只是后来由于某种原因成为无效,仲裁条款的有效性就不会因此而受到影响;但是如果主合同自始无效,则仲裁条款就不可能有效地存在。对此种学说持反对意见的则认为,主合同是否无效以及主合同无效的时间,关系到双方当事人的重要权益,是只有经过仲裁的审理才可能最后确定的,如果不赋予仲裁庭依仲裁条款独立性而取得的对案件的审理权,如何能够确定主合同无效的时间?