对检察院的撤诉理由，人民法院经审查认为成立的，不能一味准许，而应视案件审理的具体情况作出是否准许撤诉的决定：
第一、人民法院开庭审理前，检察院要求撤诉的，法院可以准许，并将撤诉的裁定书送达被告人及其辩护人；
第二、在开庭审理过程中，检察人员提出撤诉的，人民法院在征询被告人及其辩护人的意见后，可以准许；
第三、开庭审理后，即经过法定的法庭调查、法庭辩论、被告人最后陈述，审判长宣布休庭并且经过合议庭评议甚至审判委员会讨论作出决定后，不应准许撤诉。
其次，不利于保障被告人的合法权利和维护法律权威。调查发现，此种情况通常发生在开庭审理后检察院得知法院认为犯罪事实不清或证据不足等应作无罪判决的案件方面，检察机关担心法院作无罪判决会使自己处于办错案、承担错案赔偿责任、对自己不利而向法院提出撤诉要求，有的法院为照顾检法两院的关系往往同意了这种请求。检察院撤诉后一般有四种结果：一是检察机关退回公安机关补充侦查；二是检察机关作出不起诉决定；三是如果是检察机关自侦案件则有可能作出撤消案件的决定；四是对被告人作出取保候审的决定，悬而不决。除了上述第三种处理外其他三种均是对被告人不利的决定，被告人往往不能提出异议，要面临着与被宣告无罪完全相反的法律后果。如河北省高阳县耿兰刚彩票贪污案（《大河报》2000年6月18日报道）： 县法院1999年9月13日开庭审理，时过七个月之后，于2000年4月15日裁定准许高阳县检察院撤回起诉。县检察院反贪局局长在撤诉后仍然坚信，“我们是正当执法，可以说耿兰刚的犯罪事实比较清楚，我们也掌握了大量证据。检察院撤诉是无奈之举，因为从法院方面传来不利于检察院的消息。”正如媒体指出的，“检察院虽然撤诉了，但耿家有到底有罪还是无罪、20万元中奖巨款归谁所有，仍是一本糊涂账。耿家父女仍然戴着犯罪嫌疑人的帽子，检察院仍然坚持认为耿家有罪。取保候审的禁令仍然牢牢地压迫在4个人的头上。它像一个沉重的阴影，令全家人无法自由呼吸。”因此，以牺牲被告人的合法权益为代价，为照顾“面子”准许撤诉，有损于法律的严肃性,也违反刑诉法第7条规定的公、检、法机关进行刑事诉讼应当分工负责、互相配合、互相制约,以保证准确有效地执行法律的原则，是一种无原则的配合。法院的使命是执行法律，公正执法是法院审判工作的生命，更是刑事审判工作的生命，人民法院的一切诉讼活动均应无条件围绕公正这一主体进行，不能为了所谓“配合”、为了协调“关系”而牺牲公正。
再次，有损于程序公正，难以满足社会和公众公正心理的要求。为了开庭审判人民法院和控辩双方都有进行了大量的准备工作，尤其是对在案要案，更是如此；开庭以后，对控辩双方提出的证据人民法院都进行了充分的质证和认定，双方也都有详尽阐述了各自的观点和意见，无论是被告人还是社会公众，翘首以待的，是人民法院的公正判判决---无论是有罪还是无罪，也无论是罪重还是罪轻，如果有罪，被判处何种刑罚？所谓“善有善报，恶有恶报”，总得有个结果。如果允许公诉机关撤诉，由于申请撤诉和允许撤诉是在检、法两院内部悄悄进行，公诉人为什么撤诉？法院凭什么允许其撤诉？外人难以知道，形同“暗箱操作”，并且在这种情况下，很少有通知被告人、辩护人的，更没有向社会公开。还将浪费大量的人力物力，使得法院为开庭而做出的一切努力、付出的劳动成为多余。
最后，在这种情况下，对应当宣告无罪或者存疑无罪的案件准许撤诉，无疑于放弃人民法院的判决权利，不利于维护人民法院独立审判的地位和裁判权威，有损于司法公正。
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