如果系一个单位注册成立多个公司、企业，继而以多个公司、企业的名义实施犯罪，其实际的内部组织及其行为完全同一的，因多个公司、企业的犯罪意思及其行为均不具有相互独立性，应当认定为一个单位犯罪，不能以单位共同犯罪论处。否则，势必产生无法举证说明“各个犯罪单位”所实施的具体危害行为或犯罪数额的司法认定上的困难。
对于独立的单位与单位组合的共同犯罪，应当按照共犯处罚的一般原理，根据各犯罪单位在整个共同犯罪中所起作用的大小，区分主从犯，并依法确定各自应当承担的刑事责任。各犯罪单位内部的犯罪人应当根据本单位所犯罪行的大小，再按个人在单位犯罪中所起的作用，具体确定相应的刑事责任。一般说来，主犯单位中的犯罪人均为主犯（因单位行为与其中自然人的行为具有一体性）；在确有必要时，可以进一步区分主从犯（属例外情况），以便罚当其罪。对于从犯单位中的犯罪人，则不宜再作区分（因该种例外对犯罪人是不利的）。
2、对于单位犯罪，根据共同犯罪的一般原理，应当以主要实行犯为标准，区分以下三种情况分别认定：
（1）单位为主实行犯罪，个人起次要或帮助作用的，如单位走私，作为个人的海关工作人员提供便利条件，这时往往单位是主犯，个人为从犯，对犯罪单位和个人均应以单位所犯之罪定罪处刑。由此可以在单位犯罪的法定刑幅度内，保持主从犯在处刑上的协调性和罪刑相当性。如果作为主要实行犯的单位行为尚不构成犯罪，依当然解释原理，对起次要或帮助作用的个人也不能定罪处刑。
（2）个人为主实行犯罪，单位提供帮助或便利条件的，如个人走私，单位仅仅提供部分犯罪资金或账户的，这时往往个人是共同犯罪中的主犯，单位为从犯，由于单位无法适用个人犯罪的法定刑，且适用单位犯罪的法定刑一般不会加重犯罪单位中的犯罪人的刑事责任，故应当对犯罪单位和个人分别适用各自的法定刑；如果对起帮助作用的单位行为独立评价尚未达到相关单位犯罪的追诉标准的，则只能追究作为主要实行犯的个人的刑事责任，对有关单位可建议有关主管部门依法给予行政处罚。
（3）单位与个人共同实行犯罪，如单位和个人共同出资、共同实行走私并按比例分成的，因其共同实行一般犯罪（即非特殊主体所犯之罪），这种情况如同军人与普通公民共同实施偷越国边境犯罪应当分别定罪处刑一样，对犯罪单位和个人亦应分别适用各自的法定刑。如果共同实行的危害行为仅达到个人犯罪的起刑点数额，尚未达到单位犯罪的追诉标准的，则只能追究个人的刑事责任。对有关单位可建议有关主管部门依法给予行政处罚。
因单位犯罪案件往往涉及单位犯罪地、单位注册地、单位经营地和被告人的住所地等地域，在这些地域并不同一的情况下，应当适用以单位犯罪地?含犯罪行为与结果发生地的法院管辖为主，以单位注册地的法院管辖为辅的地域管辖原则。但在下列两种情况下，应当以单位注册地的法院管辖为宜：一是调查取证工作主要在注册地进行的案件；二是单位多处作案，涉及范围广泛，由其注册地的法院管辖更易于协调和统筹的案件。如果单位的注册地与经营地相分离，由经营地的法院管辖案件更加便利诉讼的，也可以将单位的经营地视为其居住地，由经营地的法院管辖。
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