犯本罪的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金，严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。
为保障公民身体健康和生命安全，依法惩处非法行医犯罪，最高人民法院根据刑法有关规定，出台了《最高人民法院关于审理非法行医刑事案件具体应用法律若干问题的解释》，自2008年5月9日起施行。
司法解释进一步明确了认定非法行医犯罪行为的5种情形，并对造成刑法有关条款中“情节严重”和“严重损害就诊人身体健康”的情形，作出了详细规定。
司法解释规定非法行医犯罪行为的5种情形是：
1、未取得或者以非法手段取得医师资格从事医疗活动的；
2、个人未取得《医疗机构执业许可证》开办医疗机构的；
司法解释还规定，下列情形之一应认定为“情节严重”：
1、造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍的；
2、造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险的；
3、使用假药、劣药或不符合国家规定标准的卫生材料、医疗器械，足以严重危害人体健康的；
4、非法行医被卫生行政部门行政处罚两次以后，再次非法行医的；
下列情形之一应认定为“严重损害就诊人身体健康”：
1、造成就诊人中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍的；
2、造成三名以上就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍的。
司法解释还规定，实施非法行医犯罪，同时构成生产、销售假药罪，生产、销售劣药罪，诈骗罪等其他犯罪的，依照刑法处罚较重的规定定罪处罚。
