1、适用范围不同。"主动交代"是可以对违纪责任作从轻、减轻、免除处理的量纪情节，可贯穿于所有执纪案件的定性量纪全过程。"自首"是对刑事责任可以作从轻、减轻、免除处罚的量刑情节，可贯穿于所有刑事案件的定罪量刑全过程。"自动投案"是职务犯罪案件移送审查起诉时可以提出从轻、减轻、免除处罚建议的量刑情节，仅是职务犯罪案件在移送审查起诉这一程序节点考量的因素。
2、主体不同。首先，"主动交代"的投案主体是"涉嫌违纪的党员"，所交代的是"自己的问题"，并不涉及党组织主动投案的问题。党纪处分条例虽然规定对于严重违纪的党组织予以改组或者解散的处理措施，但并未设定"主动交代"等可从轻减轻处罚的条款。其次，"自首"的投案主体既包括自然人，还包括单位。单位犯罪案件中，单位集体决定或者单位负责人决定而自动投案，如实交代单位犯罪事实的，或者单位直接负责的主管人员自动投案，如实交代单位犯罪事实的，应当认定为单位自首。再次，"自动投案"仅是对涉嫌职务犯罪的被调查人是否提出从宽处罚建议的考量因素，不涉及对单位犯罪的从宽处罚建议。但是，如果被调查人所涉嫌罪行属于单位犯罪，如私分国有资产罪，在认定"自动投案"时应注意:一是如果单位没有自首，直接责任人员自动投案并如实交代自己知道的犯罪事实的，对该直接责任人员应当认定为"自首"，也应认定为"自动投案"。二是如果是单位自首，直接负责的主管人员和直接责任人员未自动投案，但如实交代自己知道的犯罪事实的，根据相关司法解释的规定可以视为自首，但不属于监察法意义上的"自动投案"。
3、"特殊自首"问题。党纪处分条例规定，"主动交代"包括违纪党员在初核和立案调查其问题期间交代组织未掌握的情形。刑法规定，被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和正在服刑的罪犯，如实供述司法机关还未掌握的本人其他罪行的，以"自首"论。即以上两种情形包含初核后主动交代或特殊自首。然而，监察法第三十一条第(一)项关于"自动投案"的条文表述，是否涵盖特殊自首的内容?笔者认为，监察法第三十一条规定的从宽适用条件与刑法规定的自首、立功适用条件相比，更为宽泛，"自动投案，真诚悔罪悔过的"暗含了如实供述的内容，如果供述的是不同种罪行，在移送司法后则可能构成特殊自首，因此涵盖了特殊自首的内容。
