1. 办理刑事和解案件与审查批捕期限及办案人员紧张相矛盾。刑事案件的审查批捕期限一般只有七天，而刑事和解程序一般要经过告知、和谈、签署协议、履行协议、审批、经科室及检委会讨论、作出处理决定、宣布等环节，每个环节都要耗费一定的时间、精力，有时加害人与被害人之间对已商定好的赔偿协议会反反复复，从而使办案周期拉长，所花费的精力增多，很多案件往往是检察机关花费了大量的人力、时间和精力，却得不到双方的信任，还有可能引起一方或双方的误解，认为是在包庇袒护另一方，导致和解失败，仍作批准逮捕处理，吃力不讨好。由于上述原因，检察机关承办人往往不愿意做刑事和解工作，而是选择按普通程序审查批准逮捕。
2. 赔偿金额差别大。虽然每个案件的加害方、被害方的具体情况不一样，应该允许个案之间存在差异，但是不能排除其中有利用检察机关批捕裁量权达到个人目的情况存在。但由于是双方当事人自愿协商而定，作为法律监督机关的检察机关不可过多干预。由于赔偿数额由当事人自己的期望值决定的，而当事人的期望值又取决于他对事实和法律的认知，在当事人相关认知能力欠缺的情况下，为双方当事人一致接受的刑事和解结果依然可能是不公正的。
3. 调停人的中立性、专业性缺乏保障。刑事和解是通过加害人与被害人面对面的接触，并经双方选择信任的人充当中立第三者的调解，促进当事人双方的沟通与交流，从而确定犯罪发生后的解决方案。中立、专业是刑事和解对调停人的要求。实践中有的双方当事人自行寻求第三者进行调停，有的则由检察官主持和解。在第三者担任调停人的情况下，调停人的中立立场、法律素质无法保证，刑事和解追求的价值目标难以实现;而由检察官充当调停人，虽然具备了法律素养，有一定的权威性，但一是目前基层案多人少矛盾突出，而刑事和解程序繁琐，费时长，要求检察官花大量精力、时间主持和解是不现实的，二是有可能会引起一方或双方的误解，认为是在袒护另一方，无法达到刑事和解的最佳效果。
4. 容易出现权力的滥用。一是检察人员权力的滥用。刑事和解使检察人员手中的权力扩大，不排除有少数检察人员可能利用刑事和解权，收受当事人贿赂，以案谋私，强迫和解，或以刑罚代替和解相威胁，也可能出现利用安排和解谋取私利的司法掮客。二是被害人权利的滥用。被害人可能会利用加害人急于刑事和解的心理而漫天要价。三是加害人权利的滥用。在刑事和解这种开放式的纠纷解决机制下，被害人拥有了决定加害人命运的巨大权力，加害人可能通过种种途径，采取种种不当甚至违法手段影响受害人，迫使其“自愿”和解。
1. 修改《刑法》、《刑事诉讼法》，加快刑事和解的立法进程。现行的刑事和解由于缺乏法律的相关规定，使和解程序不规范。虽然各地都根据实际情况，制定了有关刑事和解案件的办案规定，但因为缺乏统一的法律规定，对刑事和解案件的适用条件和范围、案件的处理方式、启动模式、调解人等各地的规定各不相同。为了消除刑事和解制度引入审查批捕阶段实践的障碍，修改《刑法》和《刑事诉讼法》，应在诉讼程序中增加刑事和解环节，对刑事和解案件的适用条件和范围、案件的处理方式、启动模式、调解人等作出统一的规定，同时加强对实行刑事和解制度的监督，引入人民监督员制度，刑事和解案件应当交人民监督员对其合法性，公正性进行审查，以保证刑事和解的公正性。
2. 人民调解委员会作为调停人参与刑事和解案件。如前所述，由其他人充当调停人，其专业性和公正性难以保障，由检察机关充当调停人则不但案多人少、期限紧张的矛盾更加突出，而且可能会引起双方当事人的误解，人民调解委员会正是最佳选择。人民调解委员会充当调停人具有法律依据。我国的《宪法》第111条第二款规定规定了人民调解委员会具有调解民间纠纷、协助维护社会治安的职能。人民调解委员会充当调停人具有现实依据。一是有利于公平公正和高效快捷地处理案件。二是符合诉讼经济原则的需要。近年来，案件数量的增加使得检察机关审查批捕的压力越来越大，受理案件数量大幅上升与审查批捕阶段力量有限的矛盾日益突出，使得人民调解适度介入刑事诉讼成为客观必然。三是社会主义民主法制发展的必然要求，同时也是反对司法腐败的需要。刑事和解使人民群众更多地参与司法活动，促进司法活动的公开和透明，减少司法腐败的发生。
3. 强化监督制约机制，防止检察权的滥用。一是强化审批机制，严格审批程序，符合和解条件的案件必须报经领导批准或提请集体讨论决定后，方可进入刑事和解程序。二是完善督察机制。由人民监督员负责对和解工作的全过程实施监督，如果发现办案过程中有不公平、不公正之处，或存在徇私枉法情况的，报检察委员会予以纠正。(辽宁省辽阳市人民检察院·吕国石)
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