由于自诉案件是当事人自己举证,受理时被告人未被羁押,当事人之间对立情绪大,意见悬殊,加之案件发生时背景比较特殊和复杂,目击者由于种种原因不愿作证或不能如实作证,矛盾发生后又没有通过基层组织予以解决,直接证据和间接证据的缺失,增大了法院调查核实证据的难度。加之强调当事人举证,当事人双方无限制、无期限地举证,使得开庭审理时双方所举证据内容截然不同,真伪难辩,增大了认证工作的难度。
刑事自诉案件的审理由于其特殊性使得一些审判人员瞻前顾后,放不开手脚。如在审理阶段,对被告人采取强制措施时顾虑重重,认为刑事自诉案件情节轻微、危害不大,又多发生在邻里之间,有的案件当事人双方提交证据后,即使事实已基本清楚,证据也基本充分,也不敢对被告人采取强制措施,担心被告人被羁押后不能判决结案或是怕引起国家赔偿,该决定逮捕的不能当机立断,一些被告人趁此逃逸他乡,使得案件不能及时审结。又如,是否准予撤诉的问题。
最高法院关于执行《中华人民共和国刑事诉讼法》若干问题的解释第一百九十七条规定,人民法院对于告诉才处理和被害人有证据证明的轻微刑事案件,可以在查明事实、分清是非的基础上进行调解。自诉人在宣告判决前可以同被告人自行和解或者撤回起诉。第一百九十八条又规定,对于自诉人要求撤诉的,经人民法院审查认为确属自愿,应当准许。问题是,对于一些新类型的自诉案件,诸如一些侵犯财产的犯罪和生产销售伪劣商品的犯罪,人民法院在判决前,自诉人同被告人自行和解或撤回起诉的,而被告人又是应该受到刑罚处罚的,人民法院是否准予撤诉,法律没有明确规定,如果对这部分案件允许自诉人撤诉,既有失法律的严肃性,又放纵犯罪的可能。如果不允许其撤诉,当事人双方又确实是自愿调解撤诉的,从而使人民法院处于两难的境地。再如,关于是否能适用缺席判决的问题。自诉案件中经常会发生被告人下落不明的情况。最高法院司法解释的规定应裁定中止审理,这样法院长期难以结案,使被告人难以受到应有的惩处,自诉人的合法权益得不到及时有效的保护。一些重婚案件,男方遗弃女方及子女而另觅新欢,女方又掌握了切实可靠的证据,但男方长期下落不明,女方在家拖儿带女艰难度日,无奈之下提起刑事自诉,起诉其重婚,法院受理后又不能及时结案,无疑会使女方陷入绝境,有悖法律保护弱者的初衷。