１、非法经营既遂与未遂未作出明确规定。目前按《最高人民法院、最高人民检察院关于办理非法生产、销售烟草专卖品等刑事案件具体应用法律若干问题的解释》的规定，大部分涉烟刑事案件按择一重罪处罚原则，基本上都是定性为非法经营，但解释中没有就非法经营作出既遂与未遂的具体规定，在司法实践中有的人认为存在未遂的情形，争议较大。
２、鉴定的程序不规范。就湖南省洪江市人民法院以前所审结的案件，在价格鉴定方面程序均不够严谨，或多或少存在瑕疵。有的抽取样品没有见证人或当事人在场；有的抽取的样品封存；有的在鉴定结论中没有对抽取的样品进行说明。
３、非法经营数额认定存在问题。最新两高司法解释在第四条中规定“非法经营烟草专卖品，能够查清销售或者购买价格的，按照其销售或者购买的价格计算非法经营数额。无法查清销售或者购买价格的，按照下列方法计算非法经营数额……”，这一规定对无法查清销售或者购买价格的按规定鉴定；对能够查清销售或者购买价格的，按照其销售或者购买的价格计算非法经营数额，而就假冒、伪劣香烟来说，查实的销售或者购买价格都很低，数额就小得多，量刑较轻，这也成为懂法的犯罪分子逃避严厉打击的方法，不利于打击该类犯罪。相对无法查清的来说，其鉴定依“查获的卷烟、雪茄烟的价格，有品牌的，按照该品牌卷烟、雪茄烟的查获地省级烟草专卖行政主管部门出具的零售价格计算；无品牌的，按照查获地省级烟草专卖行政主管部门出具的上年度卷烟平均零售价格计算”的规定计算，则数额高得多，相比较而言，量刑处罚较重，对比之下就存在量刑不公。
４、没有规范非法经营单位犯罪的起刑标准。以前在“关于办理假冒伪劣烟草制品等刑事案件适用法律问题座谈会纪要”里作了规定，但最新的两高司法解释没有再对单位犯罪的量刑标准作出规定，在审判实践中应用何种标准存在争议。
