现有国家赔偿确认的程序大体是：行政违法行为的确认适用行政复议或行政诉讼程序；违法事实的确认参照行政复议或行政诉讼程序。具体的做法是：或者赔偿义务机关自己确认，主动赔偿；或者由赔偿请求人通过行政复议或者行政诉讼程序申请确认。刑事司法活动中的违法行为的确认主要依据刑事诉讼活动程序，包括上诉程序和审判监督程序，如错拘、错捕和错判的、由有关的司法机关依据有关的刑事诉讼程序确认并制作相应的法律文书；对违法事实的确认则主要有赔偿请求人向有关的赔偿义务机关申请确认；非刑事司法活动的违法行为则依据复议或申诉程序确认。
确认国家机关职务行为是否违法，是请求国家赔偿的前置条件，亦是赔偿请求人获得国家赔偿的必经程序。但应有谁来确认，通过什么程序来确认，却存在不少问题，主要有以下几点：（1）没有统一的确认程序。行政赔偿中的确认程序与刑事赔偿和非刑事赔偿的确认程序不统一，各有各的特点；（2）没有统一的行使确认权的主体。行使赔偿中确认行为违法性的主体可以是复议机关，也可以是人民法院，司法赔偿中确认行为违法性的，可以是人民法院，也可以是公安、检察、监狱管理部门等等。造成这种状况的原因一方面是由于国家赔偿设定的义务机关的多元性及职务违法行为的多样性，决定了国家赔偿确认程序的复杂性；另一方面是由于现行监督体制的不完善造成的。司法系统违法行为的确认，仍然是由本部门自行确认，自行纠正或补正，而不是由别的部门依法纠正。这里面既有历史的原因、深刻的社会根源，又有思想、理论的根源等因素。（3）发展与完善国家赔偿确认程序的设想，就是应尽快扩大人民法院的司法审查权由人民法院统一行使审查权，加强法律监督机制，以保证国家赔偿法的正确实施，防止有关的国家赔偿义务机关拖延赔偿。
针对以上提出的问题，在立法和实践中，应从以下几个方面给与考虑：（1）加强监督机制，加强司法检查的力度。由于国家赔偿义务机关没有统一的行使确认权的主体，使国家赔偿确认程序复杂化，加上现行的监督体制不完善，使司法工作中存在的违法行为缺少必要的监督与检查。因此，要扩大法院的司法审查权，加强法律监督与约束机制；（2）积极推行行政诉讼，加强行政复议制度化建设。受害人请求国家赔偿可以通过行政复议或行政诉讼程序申请确认。可以通过推进行政复议和行政诉讼，使赔偿请求人充分得到法制国家的法律保护，在经济和精神上减少因国家机关工作人员的职务行为造成的伤害。
