由于刑事赔偿制度本身具有非诉性，有关执行仅依据《国家赔偿法》规定的“赔偿委员会作出的赔偿决定，是发生法律效力的决定，必须执行”，缺乏可操作性，这是“执行难”的根源所在。有必要在《国家赔偿法》中将执行单独列出，规定赔偿范围、案件受理、复议等程序。
人民法院应成为执行的主体，有权采取各种执行措施，督促、强制赔偿义务机关履行刑事赔偿决定的内容。
《国家赔偿法》实施六年来，为维护社会安全，促进公正执法，改善法律环境起到了不可忽视的作用。但是，我们也必须看到：由于种种原因，刑事赔偿决定的执行工作面临的形势十分严峻，有的赔偿请求虽然在诉讼中得到了支持，可是几年下来却一分钱未得到;有的赔偿请求人多次要求执行决定，反而激怒司法机关，重新寻找罪名将其关押;有的赔偿请求人请求执行返还原扣押财产，得到的却是不能再使用、无价值的报废物品……由此造成一批刑事赔偿决定执行案件积压，成为刑事赔偿工作进一步发展的巨大障碍。
归纳起来，目前刑事赔偿决定执行实践中主要有以下问题：
(一)执行的性质不明确，地位难落实
与民事执行、行政执行、刑事执行相比，刑事赔偿决定的执行可以说是处在一种非常尴尬的境地，前者具有明显的强制性，表现在人民法院凭借国家强制力量，采取强制执行措施，迫使执行义务人履行义务，使法律保护的权利得以实现。
刑事赔偿决定执行则不然，由于刑事赔偿制度本身具有非诉性，反与行政赔偿杂合并列于《国家赔偿法》中，有关执行仅有《国家赔偿法》中的第二十三条第三款的一条规定，“赔偿委员会作出的赔偿决定，是发生法律效力的决定，必须执行。”这是“执行难”的根源所在。
(二)执行主体不明确，人民法院能否成为刑事赔偿决定强制执行机关没有定论
民事执行、行政执行和刑事执行中，法律明确规定人民法院成为执行主体，接受当事人的申请，强制义务人履行法定义务。而法律对于刑事赔偿决定执行主体不明确，导致一些司法机关对自己所作赔偿决定或者上一级机关的复议决定，采取各种借口予以拖延，迟迟不履行。对于人民法院赔偿委员会所作的赔偿决定，人民法院是否能够像民事执行或行政执行一样，在赔偿义务机关拒不执行时，采用强制手段去督促，实现赔偿决定，也成为一个典型问题。
对此，《人民检察院刑事诉讼规则》第三十二条第一款规定：
“具有赔偿义务的人民检察院负责刑事赔偿决定的执行”，第二款规定：“支付赔偿金的，由刑事赔偿工作办公室办理，返还财产或恢复原状的，由刑事赔偿工作办公室通知原案件承办部门执行。”但却未规定赔偿义务机关不执行时赔偿请求人如何寻求救济的途径。
(三)执行难的主要原因之一是支付费用的来源
按照《国家赔偿法》第二十九条规定“赔偿费用，列入各级财政预算”。1995年颁布实施的《国家赔偿费用管理办法》，又对此作了进一步明确规定。但是其中第七条规定的“国家赔偿费用由赔偿义务机关先从本单位预算经费和留归本单位使用的资金中支付，支付后再向同级行政机关申请核拨。”即赔偿义务机关先行支付原则。这在一些经济困难地区，赔偿义务机关的正常开支尚不能够保证，何以谈起支付赔偿费用，因此产生的刑事赔偿决定难以执行现象便也不足为怪了。
(一)增设“执行”专章，形式上加以完备
目前，检察机关颁布的《人民检察院刑事诉讼规则》和人民法院制定的《最高人民法院关于人民法院赔偿委员会管理赔偿案件程序的暂行规定》以及司法部发布的《司法行政机关行政赔偿、刑事赔偿办法》中都有条文数目不等的“执行”专节，而作为这些规定、办法的法律基础-《国家赔偿法》中却没有对刑事赔偿决定执行的专章规定。因此，有必要在《国家赔偿法》中将执行单独列出，归为一章，着重阐述刑事赔偿决定执行的内容。
(二)明确执行的性质和地位
在刑事赔偿决定执行中，应当说由于赔偿义务机关均是司法机关，知法守法理所当然，但正因知法，也更易发现法律漏洞，使用各种手段钻法律空子抗拒执行。因此，立法规定执行制度时，应使其作为与赔偿范围、案件受理、复议等程序并列的一部分，并将之置于程序终端而使之具有一种督促落实前期刑事赔偿工作的重要作用，不至于使刑事赔偿决定成为一纸空文。
(三)规范执行措施和内容，突出刑事赔偿决定执行特点
首先，在明确刑事赔偿决定执行强制性的前提下，人民法院应成为执行的主体，有权采取各种执行措施，督促、强制赔偿义务机关履行刑事赔偿决定的内容。至于各司法机关内部所设立的开展刑事赔偿工作机构，只能对本系统内的刑事赔偿决定执行情况进行监督、催办。
其次，刑事赔偿决定执行措施与强制性特点紧密相连，内容规定应包括查询、冻结、划拨存款等，并明确执行对象只能是财物，不能是人身，也不能是行为。保证人民法院对同处于司法序列内的赔偿义务机关能够真正实现执行目的。第三，刑事赔偿决定执行中应引入行政赔偿执行中的调解概念。第四，刑事赔偿决定执行只能采取适合对司法机关运用的强制执行措施，而不能无原则地采用一切民事执行强制措施，如查封、扣押、拍卖财产等，极易造成国有资产流失和干扰司法机关正常活动。因此，刑事赔偿决定执行应以发司法建议为主。
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