(一)赔偿发生的原因不同。国家赔偿由国家侵权行为引起;而民事赔偿由民事侵权行为引起。(《民法典》规定的公务侵权与国家公权力的行使有关,公务侵权的民事责任实际适用《国家赔偿法》的规定。)
(二)赔偿主体不同。国家赔偿的主体是抽象的国家,具体的赔偿义务由国家赔偿法规定的赔偿义务机关履行。赔偿主体与赔偿义务人相互分离。而民事赔偿的主体通常是具体的民事违法行为人,赔偿主体与赔偿义务人相一致。
(三)赔偿的归责原则不同。国家赔偿的归责原则是违法原则,而民事赔偿的归责原则体系由过错责任原则、无过错责任原则、公平责任原则构成。
(四)赔偿程序不同。国家赔偿的程序较民事赔偿更为复杂,其区别在于:首先,在提起国家赔偿诉讼之前,除在行政诉讼中一并提起赔偿外,请求人应先向赔偿义务机关提出赔偿请求,即实行赔偿义务机关决定前置原则,不经该决定程序,法院不予受理,而在民事赔偿程序中,受害人可以直接向法院提起赔偿请求,无须经过前置程序。其次,证据规则不同。国家赔偿一般实行“初步证明”规则,即赔偿请求人首先要证明损害已经发生,并且该损害是由国家机关及其工作人员的违法行为所引起,继而,证明责任转移到被告,而在民事赔偿诉讼程序中则实行“谁主张、谁举证”的证据规则。