国家赔偿法第19条第1款规定：行使国家侦查、检察、审判、监狱管理职权的机关及其工作人员在行使职权时侵犯公民、法人和其他组织的合法权益造成损害的，该机关为赔偿义务机关。这是对刑事赔偿义务机关的一般规定，即司法机关侵权的，该机关为赔偿义务机关；司法工作人员侵权的，该工作人员所在的司法机关为赔偿义务机关。因而在刑事赔偿中的赔偿义务机关有公安机关、检察机关、审判机关和监狱管理机关，具体表现为公安局、检察院、法院、监狱等。
国家赔偿法第31条规定了人民法院在民事、行政诉讼过程中，违法采取对妨害诉讼的强制措施、保全措施或者对判决、裁定及其他生效法律文书执行错误造成损害的国家赔偿责任，但并未明确如何确定赔偿义务机关。结合国家赔偿法第7条第1款和第19条第1款关于确定赔偿义务机关的一般原则，可以认为侵权的人民法院和侵权的法院工作人员所在的人民法院为赔偿义务机关。以下结合国家赔偿法第19条的规定、最高人民法院发布的相关司法解释中的规定以及批复中所表明的法律见解，对司法赔偿义务机关的具体认定作出说明。
1、对没有犯罪事实或者没有事实证明有犯罪重大嫌疑的人错误拘留的，作出拘留决定的机关为赔偿义务机关。在刑事诉讼中行使侦查权的机关有公安机关、国家安全机关、军队保卫部门以及检察机关，上述机关在侦查犯罪的过程中都有权作出拘留决定。因此，上述任何一个机关只要在刑事诉讼过程中作出错误的拘留决定侵害受害人合法权益，就成为赔偿义务机关。所谓“没有犯罪事实或没有事实证明有犯罪重大嫌疑”是指没有证据证明有犯罪事实或者证明有犯罪重大嫌疑，包括虽有一定证据但不足以证明有犯罪事实或者犯罪重大嫌疑的情形。
此外，检察机关对于其自行侦查的案件，在侦查过程中不作出拘留决定，而是请求公安机关以行政强制措施限制受害人人身自由的，该公安机关不是赔偿义务机关，其应检察机关的请求采取的行政强制措施应被视为检察机关作出的错误拘留决定，检察机关是赔偿义务机关。
2、对没有犯罪事实的人错误逮捕的，作出逮捕决定的机关为赔偿义务机关。刑事诉讼法第59条规定：逮捕犯罪嫌疑人、被告人，必须经过人民检察院批准或者人民法院决定，由公安机关执行。同时，刑事诉讼法第132条规定：人民检察院直接受理的案件中符合逮捕条件，需要逮捕犯罪嫌疑人的，由人民检察院作出决定，由公安机关执行。因此，在刑事诉讼中，只有人民检察院和人民法院有权决定逮捕。根据本条规定，若人民法院对没有犯罪事实的人错误决定逮捕的，在自诉案件中人民法院为赔偿义务机关。若检察机关错误批准逮捕或者在其自行侦查的案件中错误决定逮捕的，检察机关为赔偿义务机关。无论在上述何种情形下，执行逮捕的公安机关均不是赔偿义务机关；而且，在检察机关错误批准逮捕的案件中，最终侵害受害人的决定是由检察机关作出的，依赔偿义务机关后置确定原则，公安机关亦不对此前错误拘留造成的侵害承担赔偿义务。此外，“没有犯罪事实”是指没有足够充分的证据证明被告人有罪。虽有一定的证据证明某公民有犯罪重大嫌疑，但达不到有罪所要求的证据标准，也是“没有犯罪事实”。
3、再审改判无罪的，作出原生效判决的人民法院为赔偿义务机关。再审程序又称审判监督程序，依刑事诉讼法第5章关于审判监督程序的规定，再审程序的对象是人民法院生效的判决或裁定。由于原生效的错误有罪判决可能经一审而确定生效，也可能经二审而确定生效，因此对再审改判后的赔偿义务机关的确定应作具体分析。
《最高人民法院关于执行〈中华人民共和国国家赔偿法〉几个问题的解释》第5条规定：原一审人民法院作出判决后，被告人没有上诉，人民检察院没有抗诉，判决发生法律效力的，原一审人民法院为赔偿义务机关；被告人上诉或人民检察院抗诉，原二审人民法院维持一审判决或者对一审人民法院判决予以改判的，原二审人民法院为赔偿义务机关。
4、二审改判无罪的，作出一审判决的人民法院和作出逮捕决定的机关为共同赔偿义务机关。如果司法机关已作出逮捕决定，并由第一审人民法院作出有罪判决，被告人有权上诉。二审法院改判无罪的，说明一审判决错误，尽管它尚未生效，不存在错误执行刑罚造成的损害，但导致公民被羁押时间延长。这一损害与提起公诉的检察院无关，由此一审法院对此损害应当负责，同时，错误羁押往往是源于检察机关的错误逮捕决定，在一审判决作出之前受害人被错误羁押造成的人身权损害的与法院无关，因而应由检察机关负责赔偿。在此情形下，作出逮捕决定的机关与作出有罪判决的法院对损害都负有责任。因而，国家赔偿法规定在这种情形下，由作出逮捕决定的机关与作出一审判决的人民法院为共同赔偿义务机关，赔偿请求人可以向其中任何一个赔偿义务机关索赔。
《最高人民法院、最高人民检察院关于办理人民法院、人民检察院共同赔偿案件若干问题的解释》第1条规定，批准逮捕与提起公诉的如不是同一人民检察院，共同赔偿义务机关为提起公诉的人民检察院。依《最高人民法院关于刑事诉讼的被告人一审被判有罪二审发回重审又改判无罪申请国家赔偿时赔偿义务机关如何确定的批复》所表明的法律见解，一审作出有罪判决二审发回重审后，一审又改判无罪的，可以认为重新作出的一审判决是在二审程序中作出的，因而作出一审判决的人民法院和提起公诉的人民检察院为共同赔偿义务机关。另外，最高人民法院在《关于一审判决有罪二审发回重审一审退补后公诉机关作出不起诉决定赔偿义务机关应如何确定问题的批复》中认为，在此情形下，亦应以作出一审判决的法院与提起公诉的人民检察院为共同赔偿义务机关。
无论是在一审判决无罪，还是二审改判无罪，作出错误逮捕决定的机关均为赔偿义务机关，但此前作出拘留决定的机关都不是赔偿义务机关。这关键是考虑到拘留的条件与逮捕和判决的条件相差极大，不能以起诉、审判阶段的标准要求侦查机关，因而在此种情形下作出拘留决定的机关不是赔偿义务机关。
5、人民法院在民事诉讼、行政诉讼的过程中，违法采取对妨害诉讼的强制措施，保全措施或者对判决、裁定以及其他生效法律文书执行错误造成损害的，作出该行为的人民法院为赔偿义务机关。在民事诉讼和行政诉讼中，人民法院是行使司法权的唯一主体，当其违法采取对妨害诉讼的强制措施、保全措施以及错误执行造成损害的，该人民法院为唯一的司法赔偿义务机关。在委托执行的情况下，被委托的人民法院对判决、裁定或其他生效法律文书执行造成损害的，如何确定赔偿义务机关？国家赔偿法和最高人民法院的有关司法解释没有规定，对此情况须具体分析，如果被委托执行的人民法院严格按照被委托执行的判决、裁定和其他法律文书执行而发生损害的，委托执行的人民法院为赔偿义务机关。若被委托执行的人民法院所采取的执行措施违法造成损害的，被委托执行的人民法院为赔偿义务机关。
6、司法工作人员违法行使职权造成公民、法人或者其他组织人身权、财产权损害的，该工作人员所在的机关为赔偿义务机关。
依国家赔偿法第15条、第16条的有关规定，在刑事赔偿中，司法机关工作人员刑讯逼供或者以殴打等暴力行为或者唆使他人以殴打等暴力行为造成公民身体伤害或者死亡的；违法使用武器警械造成公民身体伤害或者死亡的；违法对财产采取查封、扣押、冻结、追缴等措施的，该司法工作人员所在的机关为赔偿义务机关。另依《最高人民法院关于人民法院执行〈中华人民共和国国家赔偿法〉几个问题的解释》第2条，人民法院的司法工作人员在民事诉讼、行政诉讼的过程中，以殴打等暴力行为或者唆使其他人以殴打等暴力行为造成公民身体伤害或者死亡的；违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的，由该司法工作人员所在的人民法院为赔偿义务机关。
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