1、 司法机关赔偿确认制度相互矛盾
目前在实践中争议最大的是，对检察机关以证据不足作出的存疑不起诉案件或人民法院以证据不足作出的无罪判决，赔偿请求人申请赔偿的，法院赔偿委员会根据最高人民法院的司法解释和批复，认为不起诉决定书或人民法院作出的无罪判决书应当视为确认文书，应当受理赔偿请求人的赔偿申请；检察机关认为应当先经其确认是否违法才能进入赔偿程序，其依据是最高人民检察院《人民检察院刑事赔偿工作规定》第七条第二款关于“对人民检察院因证据不足作出撤销案件决定书、不起诉决定书或者人民法院因证据不足作出已经发生法律效力的刑事判决书、裁定书申请赔偿的，人民检察院的逮捕、拘留决定有无违法侵犯人身权情形，应当依法进行确认”的规定。由于最高人民检察院的该规定与最高人民法院的司法解释和批复不一致，法院要执行最高法院的司法解释和批复，而检察院要执行最高检察院的司法解释。
3、刑讯逼供现象屡禁不止 《国家赔偿法》在第十五条第（四）项将刑讯逼供造成公民身体伤害或死亡的，受害人有取得赔偿的权利。但是根据该法的第二十条的规定，赔偿义务机关对依法确认有本法第十五条、第十六条规定情形之一的，应当给予赔偿。也就是说，刑讯逼供违法行为是否存在，要经依法确认。这里就存在一个谁来确认，如何确认的问题。在实践中，除非刑讯逼供致死或重伤或精神失常，刑讯逼供的事实无法掩盖，有的受害人获得了赔偿。对于刑讯逼供所致的轻伤、轻微伤，待关押一段时间后，受害人的伤往往已痊愈，伤痕证据已消除，又无旁人作证（即没有旁人也不愿作出对自身不利的证言），从证据方面来说，对受害人极其不利。只要侵权机关及其工作人员否认，则无法确认刑讯逼供违法行为的存在。因此，受害人受到刑讯逼供违法侵害后，通常无法获得赔偿。
4、违法收取或没收保证金现象严重 关于违法收取或没收取保候审保证金的问题，由于《国家赔偿法》实施以来，将错误刑事拘留纳入了刑事赔偿范围，公安机关将符合或不符合刑事拘留条件的人责令办理取保候审，交纳一定数额的保证金。保证金一交，就如同“肉包子打狗，有去无回”，其中绝大多数是违法没收的。这个问题非常突出，仿佛一块真空，没有监督、没有约束。《国家赔偿法》未将违法收取或没收保证金纳入刑事赔偿范围，即使根据赔偿法总则第二条的规定将此情形纳入赔偿，但确认这一关又过不了。受害人向侵权机关申请确认，实践中，绝大多数的公安机关置之不理，受害人向其上一级机关申诉，往往也得不到答复。而最高人民法院《人民法院赔偿委员会审理赔偿案件程序的暂行规定》第二条规定，赔偿请求人依法向赔偿委员会申请作出赔偿决定的被侵权事项，应当先经过依法确认，赔偿委员会不受理要求确认的申诉案件。这样下来，受害人要求退还保证金的赔偿请求被确认这一关给挡住了。
二、司法赔偿程序解决问题的对策 同样一部法律，为什么行政赔偿工作的开展比司法赔偿工作效果好得多呢？这是因为在行政赔偿中，赔偿请求人申请赔偿义务机关确认并要求赔偿不是唯一途径，还有行政诉讼程序为保障，行政诉讼程序为行政赔偿工作的较好开展起到了决定性的作用。
2、司法赔偿引入听证程序。我国三大诉讼法均把公开审判作为基本诉讼制度确立下来，人民法院行使审判权时，没有公开就没有公正可言，审判权威就不能建立。《国家赔偿法》在赔偿程序中，没有规定公开决定程序。最高人民法院《人民法院赔偿委员会审理赔偿案件程序的暂行规定》第十三条规定：赔偿委员会审理案件依法不公开进行。这与公开透明的现代司法理念是冲突的。《国家赔偿法》把司法赔偿决定权赋予人民法院赔偿委员会，虽然司法赔偿适用决定程序，有别于诉讼程序，但仍然不能背离公开这一基本的司法原则。因此，保证赔偿义务机关、赔偿请求人享有对证据的知情权和陈述申辩权利，是公开、公正现代司法理念的必然要求，是司法赔偿案件审判方式改革的必然发展方向。
我国现有的司法体制决定了司法赔偿不能参照诉讼模式引入审判程序，但引入听证程序却是适当的。通过司法赔偿实践可以证明，司法赔偿案件引入听证程序有以下几方面的优越性：
第一、能够促进司法公正。《国家赔偿法》将司法赔偿案件的审理权赋予了人民法院赔偿委员会，由于大陆司法体制存在的弊端，以及大陆公民受传统的“官官相护”意识的影响，对人民法院赔偿委员会审理公安、检察、法院等司法机关作为赔偿义务机关的赔偿案件的公正性持怀疑态度。在审理司法赔偿案件中引入听证程序，实际上就是在审理程序上公开化，增加案件审理的透明度，增强了公民、法人和其他组织对人民法院赔偿委员会审理司法赔偿案件的信任感，这符合人民法院审理案件的公平、公开、公正原则。
第二、能够提高审判效率。司法赔偿案件引入听证程序审理，赔偿请求人与赔偿义务机关在听证过程中面对面地对争议事项进行质辩，有利于赔偿委员会查清事实，使审理人员能够较快地把握双方的理由、观点和争议焦点，加快审理进度，正确适用《国家赔偿法》。
第四、引入听证程序审理的司法赔偿案件效果都很好。赔偿请求人和赔偿义务机关都比较服从赔偿委员会作出的决定，尤其是赔偿请求人对司法赔偿案件引入听证程序非常欢迎，认为自己的“官司”即使输了，也输得明明白白，输得心服口服。
综上所述，引入听证程序，是实现司法赔偿程序公正的重要保障，是准确地确定国家赔偿范围和数额的必要途径，是防止审判人员滥用裁量权的重要措施，是公平、公正、公开司法原则的具体体现，在修改《国家赔偿法》时，在司法赔偿程序中增加听证程序条款。凡是重大、疑难、争议较大、证据较多的赔偿案件，均应引入听证程序审理。但由于司法赔偿包含了刑事赔偿和非刑事司法赔偿，故不能象其他案件开庭审理一样，应有别于庭审，因此，参加听证的法院审判人员不宜着法官袍，也不宜使用法槌。
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