《实施办法》)规定，房屋的合法面积(建筑面积)，按照《房屋所有权证》或其他合法有效证件中载明的面积确认。房屋的用途以房屋所有权证登记的用途为准，房屋用途不明确的，由各区人民政府负责组织有关部门联合认定。
房屋的补偿包括了合法房屋(包括未经登记房屋经认定为合法的)价值的补偿，搬迁、临时安置的补偿，非住宅停产停业损失的补偿。
住宅房屋所有权人可以选择货币补偿，也可以选择房屋产权调换。对工业房屋所有权人，应当根据其合法用地面积结合建筑面积、建筑结构、生产规模，实行货币补偿、异地厂房调换、土地置换和功能置换安置。对营业、办公等其他房屋所有权人，除房源许可外，原则上实行货币补偿和功能置换安置。
《实施办法》对市、区政府机关和直属事业单位的房屋搬迁安置办法做出了调整，规定其应在规定的期限内腾空房屋，被搬迁房屋按规定予以核销。其必要的办公等用房由本级政府或主管部门按实际需求另行安排。
对于补偿标准，为维护被搬迁人的合法权益，体现“等价有偿”的市场原则，《实施办法》规定，住宅房屋所有权人选择房屋产权调换的，被搬迁房屋与安置房等面积部分，按重置价结合成新计算;选择货币补偿的，被搬迁房屋应按市场价予以补偿。
营业、办公等其他房屋实行货币补偿、功能置换或同类房屋产权调换的，均应按市场价计算。已领取营业执照的住宅房屋，经认定不符合营业房安置规定的，可给予适当经济补偿。
关于住宅产权调换房屋最小套型面积标准，《实施办法》规定，高层建筑的住宅安置房最小套型面积不得低于60平方米，多层建筑的住宅安置房最小套型不得低于45平方米。
为把改善老百姓居住条件和住房保障结合起来，《实施办法》对农业户口和非农业户口的住宅应安置面积、价格计算做了规定。农业户按照“一三落地、三五底顶、合法面积、违章不计”原则安置，非农业户按人均20平方米保底并适当增购。住宅安置房价格分为重置价结合成新、综合成本价、市场价格一定比例及市场价四档。
为鼓励房屋所有权人配合房屋征收、搬迁工作，《实施办法》对签约率、拆除率均达到100%和提前搬迁签约、按时交纳预付房款的明确了给予奖励，并授权区级政府制定具体奖励办法。
