1、农村土地征用和补偿程序不规范。用地单位未批先征，在未取得人民政府颁发用地批准文书之前，直接与农村基层组织自行确定征用土地的用途、范围、征地补偿标准和农业人口安置办法等事项。农村集体组织擅自将土地使用权出让、转让或出租用于非农业建设。土地补偿、失地农民的安置方案等事关农民切身利益的重大事项，不是由土地行政主管部门组织实施，而是多由用地单位和农村基层组织直接负责实施。依法应当公告的征地事项没有向基层群众，特别是失地农民公开，广泛征求意见。少数村级组织对征地补偿费用收支帐目和对农户的补偿分配不公开，暗箱操作，常常引发农民的不满和上访。
2、征地补偿标准偏低，补偿费用分配不公。由于现行土地法规对征用土地的补偿标准不具体，上下限差距很大，在实际执行中很多用地单位往往取下限标准，补偿费用与土地和劳力安置的实际状况不符，标准明显偏低。少数农村基层组织与用地单位相互串通，隐瞒真相，高标准补偿到村，低标准补偿到户。土地补偿费用在农村集体经济组织内部的分配，没有明确的分配方案，不公开征求集体组织成员的意见，特别是土地经营权流转、婚丧嫁娶等情况未认真加以考虑，造成了分配上的不合理。
3、土地补偿资金管理不严，截留、挪用、克扣等现象较为突出。土地补偿资金应用于对失地农民的补偿，专款专用，但有的基层组织却扩大了支出范围，用来支付业务招待费、补发干部工资、修建办公房，借给其他单位和个人营利;少数地方白条支出，甚至无帐可查。征地补偿的各项费用应在征地补偿、安置方案批准之日3个月内全额支付，但由于拨付环节过多，失地农民不能及时足额得到补偿费用，层层截留、挪用、克扣等严重损害了农民的利益。地上附着物和青苗补偿费用，应归其所有者所有，但实际操作中，因未直接补偿到户，不少被基层单位挪用和克扣。
4、失地农民得不到妥善安置或足够的补偿。现行土地法规对农民的安置补偿标准为该地土地前三年平均年产值的10至16倍，最高不超过30倍，但实际执行的标准偏低，往往难以使他们保持原有生活水平。农民安置形式过于简单，一般由村集体经济组织内部予以安置，或者一次性补偿一定的费用，农民就业和养老未从根本上解决。少数村级组织既不妥善安置失地农民，又不及时足额兑现安置补助费用，使农民的基本的生产和生活受到了很大影响。
产生上述问题的原因是多方面的。一是土地管理法规不完善，特别是征地补偿标准、土地补偿费在集体经济组织内的分配等缺乏明确的具体的规定。二是土地征用和补偿制度不健全，土地交易市场管理不严。三是农民作为农村土地的所有者和经营者，在土地征用和补偿事务中缺乏民事主体资格，他们很难参与到土地征用事务中来。四是农村土地征用及补偿资金的分配、管理和使用缺乏有效的监督。解决上述问题，应采取如下对策：
1、规范农村土地征用和补偿程序，实行阳光操作。农村土地的征用和补偿应由县级以上人民政府土地管理部门为主体组织实施，坚持公开、公正、公平的原则，严格依照法定程序办理。确定征地方案、补偿方案和安置方案，要吸收失地农户参与。在征地依法报批前，要将拟征地的用途、位置、补偿标准、安置途径告知被征地农民。对拟征土地现状的调查结果须经被征地农村集体经济组织和农户确认，必要时国土资源部门应当依照有关规定组织听证，要将被征地农民知情、确认的有关材料作为征地报批的必备材料。政府有关部门要建立征地和补偿登记制度，加强征地和补偿资金的监管。乡(镇)、村级组织要建立健全征地补偿、安置等资金的收支专账，做到专款专用。青苗补偿和安置补偿应可能由土管部门直接兑付到农户，减少中间环节。土地补偿费的分配和使用方案应由农村集体经济组织成员讨论通过，定期公布土地补偿收支、分配、发放情况，接受群众监督。
2、强化措施，妥善安置被征地农民。县级以上人民政府土地管理部门统一办理农村土地征用事务时，应采取切实可行的办法，妥善安置失地农民，使被征地农民的长远生计得到保障。对有稳定收益分配的项目，在城市规划区内，当地人民政府应当将因征地而导致无地的农民，纳入城镇就业体系，并建立社会保障制度;在城市规划区外，征用农民集体所有土地时，当地人民政府要在本行政区域内为被征地农民留有必要的耕作土地或安排相应的工作岗位;对不具备基本生产生活条件的无地农民，应当异地移民安置。对采取安置补偿的，应将安置补偿费用一次性直达农户手中，防止被挤占、挪用和克扣。
3、完善征地补偿配套办法，制订科学合理的征用补偿标准。各地要结合当地经济发展水平、人口资源状况等，坚持节约资源、提高土地利用效率、保障农民基本生活水平的原则，根据现行土地管理法规，科学、合理地制定本地土地征用补偿的具体实施办法，明确土地补偿、地上附着物和青苗补偿费、失地农业人口安置补助费的具体标准和管理制度。对土地补偿经费在农村经济组织内部的分配，要坚持土地补偿费主要用于被征地农户的原则，制订出土地补偿费的分配和管理办法，从制度上保障土地补偿资金的有序分配，保障失地农民的合法权益。
4、加强农村土地征用和土地补偿资金的监管，从严查处违法占地和侵害农民利益的案件。国土等部门要对辖区征地及补偿情况进行检查和监督，对农户反映的问题要予以重视，及时组织力量认真调查，妥善处理好各种争议。信访部门要及时受理农民上访案件，依法作出处理。纪检、监察部门要加大对违法占地、土地非法转让、以地谋私、侵害农民合法权益案件的查处力度，依法追究责任。各级政府要处理好经济发展与维护群众合法权益的关系、发展集体经济与保护个人利益的关系，促进经济社会的和谐发展。
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