没有匆忙地推出国有土地征收条例，而是统筹考虑集体土地和国有土地的征收问题，这是个进步。但进度希望能快一点。关键是立法机关需要下决心。——中国政法大学副校长马怀德
沈岿举例说，目前集体土地房屋征收和拆迁比较多的是城中村。在很多地方政府看来，改造城中村就是“公共利益”，类似于国有土地上房屋征收所涉及的旧城改造。“当然城中村确实存在脏乱差，政府如果不管，会成为中国特色的贫民窟，但能否一概认定城中村改造就是‘公共利益’?这个有不同认识。”
杨在明也表示，地方政府征地时会说是为了“公共利益”，但谁知道什么是“公共利益”呢?他以国有土地征收条例征求意见稿列举的“公共利益”为例表示，“实际上没有操作性，政府可以把任何一个征地项目套进去，会找出一百条理由来说这就是‘公共利益’。”
城市扩张主要依赖周边土地，提高集体土地征收的补偿标准就会使政府成本增加，形成城市化资金的缺口。
目前集体土地征收中涉及补偿的费用为三类：土地补偿费、地上附着物补偿费和青苗补偿费。土地补偿费归村集体经济组织所有，后两者归所有者所有。
如果立法规范集体土地征收和补偿，最大困难在于如何确定补偿标准。沈岿分析，集体土地在没有转为国有土地时，没有真正的市场价值。中国土地市场是由国家垄断一级土地市场，土地转为国有以后，通过诸如招拍挂等方式形成土地使用权的市场价值。
但农村的土地使用权价值，因不能进入到一级土地市场，并不能简单地用市场价去补偿。如果以国有土地上房屋拆迁的价格(暗含土地使用权价值)去补偿，又会产生比如土地增值归谁所有等问题。
沈岿认为，土地增值通常并不是农民投入形成的，而是政府或开发商投入资金对周边地区进行开发建设等诸多因素造成的。农民作为土地所有权人，应当享有获得收益的权利，但把土地增值全部“归私”，又忽视了社会的投入与贡献。这就带来一系列问题，补偿标准由国家统一规定，还是国家仅提供指导性的标准，把权力交给省级政府?制订补偿标准时，是否需要广泛征求意见?农民意见在多大程度上应予听取?都有很大争议。
如果将集体土地征收纳入中国当前的城市化进程中考虑，则问题更为复杂。马怀德分析，目前城市扩张主要是依赖城市周边的土地，提高集体土地征收的补偿标准就会使政府支付的成本会大幅增加，形成城市化资金的缺口。
如果不解决土地财政问题，即使提高了征地补偿标准，政府也会把成本转嫁给社会，导致房价高涨。
无论是国有土地上房屋征收还是集体土地征收，立法共同面对的是“土地财政”问题。沈岿直言，如果政府始终不让利，就不可能降低地价，如果不解决土地财政问题，即使提高了征地补偿标准，政府也会把成本转嫁给社会，导致房价高涨。
杨在明表示，集体土地征收政府看中的是土地出让金，补偿金一亩地三四万、五六万，但变为国有土地后进入土地市场卖给开发商时，就成了几百万，政府赚了巨大差价，从物理形态上讲，集体土地和国有土地应该是同地同价，但从法律性质上讲，待遇相差太大。
中国社科院财贸研究所财政与税收研究室副主任杨志勇认为，如果土地不是事实上为地方所有，也不会有中国式的土地财政问题出现。他亦直言，土地财政不见得就不好，未来怎么改地方政府还会有土地财政，但现在靠土地出让金，未来可能靠土地、房地产相关的税收，“转变的是土地财政的模式，而不是土地财政本身。”
杨志勇分析，把集体土地转化成国有土地、转化成国家财富的过程中采取了一些比较野蛮的办法，这就需要建立一个合理的国家财富流动机制。
对于地方政府声称的城市化资金来源问题，杨志勇坦言，靠中央来解决一部分城市化所需的资金是不够用的，远远满足不了需求，而所谓“市场价”补偿因为难以说得清楚什么是“市场”，造成了事实上操作的困难，“可能的办法是，怎么能让那些农民共享城镇化的收益，比如可以考虑入股、分红等形式让农民分享未来的土地收益，这样可能会减少很多矛盾。”
在沈岿看来，解决土地财政问题有赖于财税体制改革。1994年分税制改革后，越来越清楚地看到地方政府靠土地来经营城市的趋势。农民的利益被剥夺，但随着农民权利意识的增强，农民也越来越清楚地感受到不公平。如果不改变这种情况，矛盾会越来越激化，人民就会失去对政府的信心。“立法最大障碍就是土地财政问题，这需要中央的政治勇气。”
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