新的文件涉及保障被征地农民利益的内容主要有，用地预审时足额落实征地补偿费;征地补偿费直接给到农民个人;鼓励单列被征地农民社会保障费用;落实征地房屋拆迁补偿安置有关政策;充分征求被征地农民意见。
《通知》提出，对于新上建设项目，在用地预审时就严格把关，确保项目按照征地统一年产值标准和区片综合地价核算征地补偿费，足额列入项目概算;要求市县按照确定的征地补偿安置方案，将补偿安置费用直接、及时支付给农民个人，防止和纠正截留、挪用的问题。
《通知》鼓励单列被征地农民社会保障费用。目前这一做法已经在一些省份实施。实践证明，实行新农保的地区，“只做加法，不做减法”，不影响被征地农民纳入社会保障。因此，我们鼓励借鉴，以解决征地补偿费用偏低、社保资金普遍难以落实的问题。
针对农村房屋拆迁补偿存在的突出问题，2009年底，国土资源部会同国务院法制办、住房和城乡建设部进行研究，有针对性地提出了政策意见。《通知》吸收了该意见，在农村房屋拆迁补偿安置的组织、领导、原则、方法等方面明确了有关要求。
《通知》要求，按照国办发15号明电精神，需要进一步明确要求各地在实施征地前充分听取被征地农民意见，对被征地农民提出的合理要求必须妥善予以解决，并做好政策宣传解释和群众思想疏导工作，不得强行实施征地。
新的文件中首次提出征地房屋拆迁的补偿安置问题。对此，耕地保护司负责人表示，按照《土地管理法》规定，征地中房屋作为附着物予以补偿。但近年来城镇化速度加快，征地拆迁量越来越大，而随着房屋价值的凸显，征地中的拆迁房屋作为附着物补偿，很难满足被拆迁农户的需要。因此，《通知》在现有法律框架下，规范征地中农民住房拆迁补偿行为，维护农民的土地权益和社会稳定。
此外，《通知》还在征地补偿款预存制度、征地批后实施程序、征地批后实施反馈制度三个方面做出了改进和完善。
