宅基地被政府征收后的补偿安置问题，由于国家无统一规定，造成一些地方政府的行政行为超越宪法精神，无视集体经济组织的物权所有权人和农民的合法权利。
目前，对农村宅基地使用权征用后的安置补偿的法律直接依据，是《土地管理法》第四十七条。该条规定：征用宅基地的，由省、自治区、直辖市参照征收耕地的土地补偿费和安置补助费的标准规定，被征收土地上的附着物，也由省、自治区、直辖市规定。
由于该条款规定的太笼统，以致实践中，对宅基地征用后的安置补偿，只能以省、自治区、直辖市的规定为准。而许多省、自治区又直接授权区、县政府制订具体实施方案。如浙江省规定：征用宅基地的补偿费是参照当地耕地的补偿标准，对房屋的补偿按照实际价值计算，但具体的补偿标准，授权市、县人民政府结合当地实际制定。市、县政府出于搞活当地经济发展和招商引资之需要，在制订补偿安置的标准过程中，往往侧重考虑控制征用成本，这就导致了制订出的标准比较低或很低，常常引起农村集体经济组织和村民的强烈抗议。
1、宅基地所在区位不同，征用补偿费用不同。
位于城市郊区的农村宅基地使用权被征用后，经常会有该问题发生。征用对农村房屋的征用补偿，涉及到两个不动产即宅基地和房屋。按照民法理论，补偿也应区分，因为两者的补偿标准和补偿性质是不同的，对宅基地的补偿是基于土地被征用而产生，补偿对象是被征用的土地所有权人和使用权人，而房屋属于私人所有，补偿直接给被征用人。但目前，许多地方制订的关于集体土地房屋征用补偿方案中，都规定可将宅基地补偿费直接补偿给农户。在实际操作中，分货币补偿、房屋安置、另行审批宅基地安置三种方式。依据《土地管理法实施条例》第二十六条之规定：土地补偿费归农村集体经济组织所有;地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。2004年11月3日，国土资源部《关于完善征地补偿安置制度的指导意见》将该条款明细化：按照土地补偿费主要用于被征地农户的原则，土地补偿费应在农村集体经济组织内部合理分配。具体分配办法由省级人民政府制定。土地被全部征收，同时农村集体经济组织撤销建制的，土地补偿费应全部用于被征地农民生产生活安置。显然，地方政府制订将土地征用补偿费直接补偿给宅基地使用权直接占有使用人之规定，是不妥当的。因为这样的补偿规定，实际上完全剥夺了土地所有权人集体经济组织的所有权和处分权。就算土地征用补偿费最终是分配到了被征用农户手中，但这处分权也应由集体经济组织来实施。而且这样的规定，也无法解决集体经济组织成员之间公平合理分配的问题。有的城市如武汉市规定：宅基地区位价分三级，一类区宅基地区位补偿价标准为2280元/平方米，二类为1920元/平方米，三类为1500元/平方米。由于这三级的地理位置是由政府人为划定的，且一般以环线为准。如果该界限从一个村庄中间划过，那么，同一集体经济组织的不同成员占用的同样的宅基地使用权，只因所处位置稍微不同，获得补偿就有明显的差异。这样就会让农户产生不满情绪。
2、宅基地征收时分住宅与非住宅补偿之问题。在城市房屋拆迁安置过程中，对拆迁房屋分住宅与非住宅用途区别对待，两者之间的补偿也是相差悬殊。但到目前为止，国家对农村房屋的法律保护仍然没有立法，哪怕是国家部门规章也没有触及，没有象城市房屋一样，通过立法形式规定政府登记造册颁发房屋所有权证来证明该房屋的所有权人和使用性质。也就是说，地方政府在认定农民房住宅与非住宅补偿上虽有区别但实质上是一样的，即无论是否经商，在房屋使用性质认定上都是住宅，而对于农民一直作非住宅使用在征用拆迁按时给予另外的适当补偿。
笔者呼吁，国家应尽快出台法律法规，对广大农村房屋进行宅基地使用权和房屋所有权证登记，以确保农村房屋具有城市房屋一样的物权功能性质。值得欣慰的是，笔者在写此文章过程中，《国有土地上房屋征收与补偿条例》已于2011年1月21日正式施行。让我们共同期待这部新条例将要发挥的法律作用，相信它对我市房屋征收与补偿工作规范有序进行定会有法律上的保障。
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