1、部门履职不到位，社保审核不严格，欠规范。突出表现在确定应纳入社会保障的被征地农民资格及缴纳社会保障费用两个环节上，自然资源、社会保障、财政等相关部门沟通协作不够。一些地方征地涉及农民社保的未按规定程序报经人力资源社会保障部门审核，社会保障部门也未主动协调相关部门开展被征地农民摸查统计工作，财政部门一般未明确要求用地单位缴纳被征地农民社会保障费用，国土资源管理部门也未将社会保障安置费用用交付凭证作为办理土地登记的要件进行严格要求，导致被征地农民资格确定难，保障资金落实到位难的情况较为普遍。
2、新老政策衔接过程出现历史遗留问题难以解决。一些地方未将被征地农民纳入养老保险参保范围，只采取货币安置的简单处置办法，近年来，对于至今未纳入社保的失地农民，其养老问题日益突出，一些地方迄今未采取较为妥善的办法处理此类历史遗留问题。
3、部分地区社保资金拨付不到位，沉淀较多。对于发现一些地方普遍存在被征地农民社会保障专户上资金大量沉淀的情况，未拨付养老保障费用的项目大致分三种情况：一是需缴纳养老保障相关费用已落实并纳入专户管理，但由于被保障人员难确定且部门间缺少沟通协作的原因，相关费用应落实到哪些人名下一直无法确定，导致资金发放工作被长期搁置。二是地方考虑政策追溯力及公平性问题，担心之前被征地但未参保人员的不满，对新的征地项目不敢启动参保和费用发放工作，同时也担心执行养老保障政策后，进一步加大征地成本和难度。三是需缴纳养老保障费用中仅用地单位需缴纳部分落实到位，个人集体和政府承担部分未落实，难以满足费用发放条件。
4、一些地方零地价、低地价出让土地，加剧征地社保资金紧张。一些县市区零地价出让土地，一些地方以减免出让金为优惠条件吸引投资项目。
