（一）环境监察人员接群众举报或现场检查中发现有环境污染与破坏事故发生，须立即组织初查并现场取证。掌握事故发生的原因、时间和有关责任人，预测污染事故危害程度及事故发展态势，制作现场勘查笔录和对在场当事人的询问笔录，有关证据可能灭失的，还须进行当场取证。
违法行为仍在延续，且可能加剧污染危害的，监察人员须当场责令纠正违法行为，防止污染与破坏危害扩大；对可能受到危害的单位和个人及时通报，应急避险，并与责任人、消防单位共同拟定防治措施，消减污染与破坏危害。
（二）监察人员初查结束，完成现场应急处理后，立即将事故类型、发生时间、地点、污染源、主要污染物及危害程度的初步情况向市环保局报告，及时按照市环保局的安排采取有效措施。对市环保局初步认定的重大或特大的环境污染与破坏事故，监察支队信访室应于发现事故后5小时速报省环境监察总队。
根据《中华人民共和国水污染防治法》，船舶造成污染事故的，由就近的航政机关调查处理。造成渔业污染事故的，由渔政监督管理机构调查处理。对于上述原因所致的水污染事故，环境监察人员必须依据履行法定职责正确履行监管职能，及时告知污染事故受害方委托具备污染事故鉴定资格的单位进行必要的鉴定工作，不得因消极等待而导致失去鉴定的客观环境或条件，不得超越法定职责进行有关鉴定。
（三）监察支队信访室根据初查情况填报立案登记表，制作调查取证方案，送局法制科审查。
局法制科、监察支队、监测站派员组成调查组，依照市环保局批准的调查取证方案展开全面调查。进行取样监测、录像、拍照，掌握事故原因、危害程度、涉及范围等，制作现场勘查笔录；与当事人就违法行为进行认定，了解在污染与破坏事故发生后，当事人采取的措施及效果等，制作询问笔录。
调查取证结束后，调查组将环境污染与破坏事故调查报告书面报市局。对市局确认的重大或特大环境污染与破坏事故，监察支队立即将调查报告上报省环境监察总队，特大环境污染事故同时抄报国家环保总局环境监察局。
（四）调查终结，调查组收集案件调查中形成的监测报告、勘查笔录、询问笔录、照片、录像带等制作调查终结报告，送局法制科审查。局法制科依照有关法律规定制作《告知申辩（听证）权利通知书》，根据相对人请求主持召开听证会和听取陈述和申辩；填写行政处罚审批表报局执法领导小组审批后，制作《行政处罚决定书》。
