1、被拆房屋能否重复适用行政赔偿与行政补偿程序的问题。在一个行政行为被依法确认为违法并已经启动行政赔偿程序时，当事人不能重复或者交叉运用救济手段，再行寻求行政补偿。因此，在征收拆迁范围内房屋被非法强制拆除后，原有的补偿问题可依法转化为赔偿程序解决，人民法院应直接进行实体审理并就赔偿问题作出行政赔偿判决，无需另行通过征收补偿程序解决。
2、被拆房屋应否按照集体土地上的房屋价值予以赔偿的问题。在集体土地征收过程中，如果未同时对被征收的集体土地上的房屋进行征收补偿，经过若干时间后，原坐落于集体土地上的房屋所在区域已经被纳入城市规划区，基本实现了城镇化，此时再对原集体土地上的房屋实施征收，可以参照国有土地上房屋征收补偿标准予以安置补偿。司法解释之所以作如此规定，其目的在于避免同区域内原集体土地上房屋征收补偿标准低于国有土地上房屋征收补偿标准，充分保障原集体土地上房屋权利人的合法权益。
3、被拆房屋损失的赔偿方式问题。支付赔偿金以及返还财产、恢复原状均是国家赔偿的赔偿方式。被拆房屋系因旧城区改建而被拆除，如系依法进行的征收与拆除，被征收人既可以选择按征收决定公告之日的市场评估价进行货币补偿，也有权要求在改建地段或者就近地段选择类似房屋予以产权调换。在行政赔偿案件中，被征收人应当根据《中华人民共和国国家赔偿法》第三十二条规定，以支付赔偿金为主要方式。为确保上诉人获得及时、公平、公正的救济，赋予被征收人既可以选择货币赔偿，也可以选择房屋安置的权利，最大限度地保障了被征收人获得国家赔偿的权益，符合国家赔偿法的立法精神。
4、被拆房屋损失的赔偿标准问题。因违法强制拆除引发的赔偿，为体现对违法征收和违法拆除行为的惩诫，并有效维护被征收人的合法权益，对被征收人房屋的赔偿不应低于因依法征收所应得到的补偿，即对被征收人房屋的赔偿，不应低于赔偿时改建地段或者就近地段类似房屋的市场价值。因征收决定公告时间与实际赔偿时间相隔过长，市场行情发生了很大变化，如果以征收决定公告时的市场价格予以赔偿，该赔偿标准显然对上诉人是不公平的，故以判决赔偿时被拆房屋周边房地产的市场价格予以评估和赔偿（法院可依职权委托评估，确定合理的评估时点为赔偿时点），体现了公平原则和充分赔偿的原则。
5、被拆房屋室内物品损失的赔偿问题。因行政机关违反正当程序，不依法公证或者依法制作物品清单，给被征收人履行举证责任造成困难的，且行政机关也无法举证证明实际损失金额的，人民法院可在被征收人就损失金额所提供证据能够初步证明其主张的情况下，依法作出认定。被征收人的室内物品因违法强拆行为灭失，在双方均对室内物品无法提供证据予以证明的情况下，被征收人合情合理的赔偿请求应当得到支持。法院可根据被征收人提供的物品清单，结合日常生活经验，考虑物品折旧等因素，合情合理进行酌定处理。
