第一步按时间分类分流。根据各地城市规划的具体时间合情合理地确定违法建筑的时间界限。具体可采取两段式或三段式。两段式即划定一个时间点,在此时间点之前形成的违章建筑可补办手续作合法建筑处置,在时间点后的作违章建筑处理。三段式是划定两个时间点,在第一个时间点前的一律补办手续,不予处罚,作合法建筑处置:在第一个时间点之后,第二个时间点之前的,从宽处理,能不拆除或没收,一律不处以拆除或没收;可以不予行政处罚的,一律不予行政处罚:在第三个时间点之后的要从严处。其中,多数学者建议采取三段式,理由是城市规划是一个复杂的过程,应当有一个过渡期。对可以直接补办手续的,直接进入补办手续阶段;对需进一步处理的则进入下一步。
第二步,按是否存在违章建筑的行为同时违反了两个以上的行政法律规范的情形为标准分类分流。
若不存在这一情形,则一般是只违反建设规划的,则交由建设规划行政主管部门处理;若存在这一情形的,则由一个行政主管部门牵头处理。
第三步,作出处理或处罚决定。 然后根据处理或处罚决定分别处置,对补办手续的,进入补办手续阶段;对处以没收或限期拆除的,进入执行阶段。