1、农村土地征收补偿费用的性质和归属法律规定不明确。承包地之外的农村集体土地被征用，征收方向农村集体经济组织支付地上附着物和青苗费补偿费、安置补助费，其归属法律、法规没有明确规定。由于农村土地权属的立法界定不清，大量的补偿费无法为农民所掌握，严重损害了农民的利益。依照现行法律规定，青苗补助费和地上附着物补偿费应分配给该物的所有者，通常为农民个人所享有；安置补助费国家规定应由集体经济组织所享有，若农民自谋职业，应发给农民个人。
但现行的立法模式并没有为“集体”作出严格界定，现实中农村集体土地一般存在三种模式，即乡镇集体所有，村民委员会集体所有，村民小组集体所有。对所有权主体多级性和不确定性的规定，反而造成了集体土地所有权主体的虚位，导致了集体土地人人所有，却人人无权。因为农村实行家庭承包经营为基础，统分结合双层经营体制以后，农村集体经济组织大多解散，原来属于乡镇、村集体经济组织所有的土地已经分给各村内小组的农户承包经营，而且当初分地的时候土地权属登记手续大多不健全，在土地未被征收时这种潜在的权属不清问题一般不太引人注意，但是当面临补偿金的时候，三个主体都争抢土地补偿金，即使属于村内小组所有的土地被征收后，乡镇、村克扣、截留补偿金的不正常现象大量存在，补偿金落实到真正土地权利人手中的所剩无几。
2、国家农村土地征收补偿标准不合理。我国《土地管理法》规定的征收土地补偿费、劳动力安置补助费都是按照被征收土地前三年的平均年产值计算的，其补偿标准计算的基准是农地的年产值，而土地补偿费的确定很大程度上与被征地所处的区位、区域经济发展状况及区域基础设施条件等紧密相关，而与土地年产值的关联性并不明显，法定的征地补偿标准较土地实际产出价值而言往往失真。由于政府作为利益参与方分享土地征收的利益，被征收方又极少参与征收过程，导致很多地方政府常常按照法定最低标准给予补偿甚至连法定的最低标准也达不到，在自由裁决的权限内，出现显失公平的不合理现象更是常见。实践中政府往往以支付较低的补偿费为对价获得土地，再以很高的土地使用权出让金转入市场，但失地的集体组织和农民却不能从增值中获利。
3、补偿程序不完善，司法救济难到位。补偿过程中虽有公告和听证的规定，但缺乏农民实际参与听证的保障渠道。法律规定征地补偿方案由市、县人民政府土地行政主管部门会同有关部门制定，补偿方案制定后才公告告知农民，对农民提出的意见只在确需修改的情况下才改动补偿方案，极大地限制了农民的参与权。另外，发生纠纷后，法院往往以征地补偿案件不属于民事案件为由不予受理，司法保护不能实现。现有的土地征收补偿法律法规没有规定对裁决不服的救济途径，《土地管理法》第十六条的规定主要是土地所有权和使用权的权属纠纷的救济途径，而不包括土地征收补偿纠纷的处理。根据现行《土地管理法》的规定，征收各方不能对征地补偿标准达成一致意见的，由征收部门裁定，而且该裁定为终局裁定，相对人不能向人民法院起诉。这种制度安排，给征收方以过大的权力，而被征收方连起码的司法救济权都没有。双方的攻防武器严重失衡，极易造成对被征收人利益的损害。
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