以参考为基础的定价也可称为参考定价(reference-based pricing，RBP)。它是指一种特殊药品的购买或补偿价格，决定于相似类别的一些基准或参考的药品的价格。这是控制新药价格的一种常用方法。在澳大利亚、加拿大、德国、意大利、新西兰、挪威、瑞典、荷兰和大多数欧洲国家，均不同程度地采用了这种参考定价的方法。
参考价格并不是直接控制药品的价格，而是允许药厂可以自由定价，只是在药厂定价与补偿价格之间的费用差距由消费者通过共付的方式自负。这样，就会促使药厂考虑适宜的定价，医生也会在处方时考虑患者的负担。在美国Medicaid保险中，凡是高于参考定价的药物，全部费用由患者自负，而不是仅仅支付差额的部分。参考价格的制定可以是这类药品的平均价格(如荷兰)，也可以是这类药品中的一个最低价格(如丹麦、意大利、西班牙)，或是最低价格加上一定的比例。也可将参考价格作为所有药品市场价格的一个函数。通常采用仿制药的价格建立起基准价格。
参考价格可以设定为3个水平，第一个层次，是将所有同一类活性成分的商品名药物集中起来；第二个层次，是将在药理学上相关的，但在应用适应症上不同的药物集中起来，如治疗高血压的ACE抑制剂、质子泵抑制剂；第三个层次，是将用于特别指征的各类药品集中起来，如抗高血压、降脂类药物。总之，层次愈高(第三层次)，包含的药物愈广。不同国家采用不同层次的参考定价，但大部分的国家还是采用第一层次的参考定价，比较简单也比较没有争议。
德国最早在1989年就应用参考定价的方法(水平1)，1992年后引入第二层次的参考定价，1993年后引入第三层次水平的参考价格。1997年时德国在第一层次分成186类，第二层次23类，第三层次29类，代表了60%的德国药品市场中的产品。其他欧洲国家从上世纪90年代后也开始应用参考定价。澳大利亚与加拿大是从上世纪90年代的中后期开始执行参考价格的。澳大利亚政府对第一层次水平的药物给予最低价格的品牌药品补贴，差价由患者支付；对第二层次水平的药物则给予最低价格药品的补贴；只允许药厂对ACE抑制剂、钙通道阻断剂、H2受体拮抗剂和他汀类4类药自由设定价格。
参考定价是一个有效降低药品价格的政策工具。参考价格的作用，首先是对消费者起到了一个价格信号，会迫使医生处方便宜的药物，改变医生的处方行为，减少患者的支出；其次是刺激生产企业之间的价格竞争，迫使药厂要考虑降低价格，以免失去市场；同时，可使保险支付第三方机构减少保险费用(药费)的支出。不过，在实行药品参考价格后，虽然政策的短期效果是明显的，但各国报道的结果也不尽相同。德国的研究按每DDD的价格来看是有所降低的，但总的医疗费用仍然上升。医生会使用没有实行参考价格的药物来规避政策，同时使没有列入参考定价的药物用量明显增加。
比利时已通过立法，规定仿制药的参考价格要低于已过专利期的品牌药(原研药)价格一定的百分比。在2002年7月以前，其参考价格为品牌药的84%，2003年1月后进一步降低为80%，到2005年又进一步降低为74%。目前其参考价格处于原研药的70%左右。也就是说，对原研药的定价即使过了专利期仍有一定的保护作用。另外，仿制药比过专利期的原研药在价格上大约低30%左右。欧洲的经验证明，如果能保证仿制药有高度的市场占有率，生产仿制药的企业仍然能够提供竞争性的价格(competitive prices)。大量使用仿制药需要有需方政策的支持，如医师、药师和患者要支持使用仿制药。药师要有积极性用仿制药去替代品牌药，刺激患者对低价药的需求。
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