番茄是世界上面积最大、产量最大的蔬菜，因此，研究者众，研究得最深入。转基因番茄1994年就有了，美国培育的。这是一种延迟成熟的番茄，延迟成熟，并不是不变为红色，而是变成红色后缓慢变软。
常规品种的番茄，不耐存放，越放越熟，越熟越软，直至烂掉。人们以为这是自然而然的，从不究其原因。却原来，这是由于番茄的每一个细胞的细胞壁溶解了，细胞液便流动起来了，所以变软。
动物细胞没有细胞壁，只有细胞膜，所以你的肉是软的。植物果实细胞都有细胞壁，一个个细胞的细胞壁呈网络架构，起支撑作用，所以成长中的果实是硬的。果实成熟时会慢慢变软，是因为细胞壁被溶解了。
番茄细胞的细胞壁，由两种有机分子组成。一种是果胶，这名字人皆熟悉，无需解释。另一种是多聚半乳糖，这名字陌生，需要分步骤解释：先解释“乳糖”，这是两个分子合二为一的糖，牛奶里含有，人的十二指肠不能直接吸收，需要酶将其分解，有的人缺乏这种酶，喝牛奶就拉肚子；再解释“半乳糖”，它是乳糖的一半，是单个分子的糖，像葡萄糖一样，可以直接被十二指肠吸收；然后解释“多聚半乳糖”，这是由十几个、几十个半乳糖分子聚合在一起形成的一个大分子，因为是大分子，所以细胞壁才结实。
番茄里有一种酶，可以分解细胞壁的多聚半乳糖，细胞壁因此而溶解。“一个基因一个酶”，这是分子遗传学的定律，那么，知道了酶，就可以顺藤摸瓜找到控制这种酶的基因。若能改变基因，就可以减少这种酶，进而延缓细胞壁的溶解。
若要改变基因，先要了解基因是怎样控制酶的合成的。任何酶，都是蛋白质，酶的合成就是蛋白质的合成。合成途径是这样的：在细胞的细胞核里面，DNA的分子结构像一架很长很长的梯子，梯子的一格、两格就是一个基因，那么这个基因就状如一个“日”字；在细胞核之外的RNA，负责组织蛋白质的合成；这个RNA很小，比DNA小得多，只相当于DNA上的一个基因的左半拉，它正是由基因的左半拉转录而来的，基因的结构状如“日”字，那么它的结构就状如“E”。
现在，我们把注意力集中在“日”字的右半拉，表示为“ ”。右半拉的这个“ ”是闲置的，科学家把它叫做反义基因，理同反义词。反义基因“ ”的结构是清清楚楚的，那么就可以人工合成出来，然后把人工合成的反义基因“ ”转入细胞核里的DNA上，于是反义基因“ ”便起反作用，在细胞核之外又转录了一个反义的RNA，反义RNA抵消了原来的RNA，于是，合成的蛋白质减少了99%。对于番茄来说，就是溶解细胞壁的酶减少了99%。细胞壁不被溶解，就延迟成熟，就不会变软，就不会烂掉。
以上说的是美国1994年培育的转基因延熟番茄的基础理论。人们可能有所不知，我国科学家在1995年也培育出了转基因延熟番茄，1996年农业部批准种植。我国的转基因延熟番茄利用的也是反义基因理论，但抑制的是乙烯的酶，减少了乙烯的合成。
十几年来，上述两种转基因延熟番茄广泛种植。如果没有延熟番茄，番茄成熟后就会像柿子那样不几天就变得软溜溜的，种植者来不及摘就烂在地里，即便早摘，贩卖者来不及卖就烂在车里。有了转基因延熟番茄，才得以远距离运输，较长时间存放。但是，如果摘得过早，又需要使用乙烯催熟，消费者对此颇有微词，不过已经见惯不怪了。不光番茄，南方的水果运到北方大多都要使用乙烯催熟。其实，乙烯催熟的番茄和水果是无害的，只是口味不甜，因为乙烯只能催熟，并不能把果实里的淀粉转化为糖。不过，果实里的淀粉到了我们的肠胃里最终是要转化为糖的，而我们感觉不到。
目前，国内外对番茄的转基因研究领域更宽，如转基因抗病毒病、真菌病、细菌病，转基因抗虫，转基因抗除草剂，转基因抗旱，转基因抗盐碱，转基因抗冻，转基因提高营养价值等。可以预料，以后的番茄，将会转入更多基因，将会更有利于生产和食用。反对转基因的人，可能无番茄可吃。
近几年，市场上到处都有鸽子蛋那么小的番茄，其美丽的名字叫圣女果。这小番茄方便生食，一口一个。吃大番茄咬着流着水，不雅。有人说，这小番茄也是转基因，其实不是，它是原始品种，当初番茄从美洲传到欧洲、从欧洲传到中国时就是这么小，在栽培过程中，品种越培育越大，而现在又“返祖”了，却更受消费者喜欢。 【相关阅读】 番茄“保胃”防胃癌 健康食物哪些情况下会伤胃：番茄吃多致胃泛酸 吃菠菜、番茄 防上火 番茄炒菜花助宝宝消化 蜂蜜搭配番茄食用养颜通便护胃 番茄酱最好买包装不透光的 吃番茄的6大禁忌 千万别乱吃 番茄芥蓝同吃抗癌 蔬菜皮营养高：番茄皮预防癌症 黄瓜皮能排毒 自制解暑清脂番茄冰淇淋
