草案初审稿规定，食品生产经营者应当严格依照本法和其他有关法律、法规的规定和食品安全标准从事生产经营活动，不得生产经营不安全食品；生产经营不安全食品的，依照本法必须承担法律责任。
有些全国人大常委会委员及些地方提出，食品安全直接关系公众身体健康和生命安全，食品生产经营者不仅应依法从事生产经营活动，而且应对公众负责，承担社会责任，草案应进一步强化这方面的规定。
全国人大法律委员会经同全国人大教育科学文化卫生委员会、国务院法制办研究，建议将草案此条规定修改为：“食品生产经营者应当依照法律、法规和食品安全标准从事生产经营活动，对社会和公众负责，保证食品安全，接受社会监督，承担社会责任。”
在分组审议中，庞丽娟委员建议强化食品生产经营者食品安全的民事责任。她说，在市场经济体制下，企业应是食品生产经营安全的第一责任人。现在草案相对比较偏重和强调政府的监管和行政处罚，但是在如何通过民事责任等手段来增强和促进食品生产经营者的责任意识和安全意识方面比较薄弱。食品生产经营活动不仅仅涉及了公共领域的安全保障，而且事关每一位消费者、每一人民群众的人身安全和财产权益的问题，所以建议进一步充实加强有关食品生产经营者民事责任的规定。
根据草案初审稿规定，国家对食品生产经营实行许可制度，但生产者生产在本乡(镇)行政区域内销售的食品，不需要获得食品生产的许可。
有些全国人大常委会委员及一些地方提出，县级以下城镇和农村的小企业、小作坊是食品安全事故的发地，食品监管相对薄弱，既不能都实施许可，也不能放任不管，建议参照现行食品卫生法的规定，授权地方人大根据本地实际情况制定对食品生产加工小作坊和食品摊贩的管理办法。
全国人大法律委员会经同全国人大教育科学文化卫生委员会、国务院法制办研究，建议删去草案初审稿中“生产者生产在本乡(镇)行政区域内销售的食品，不需要获得食品生产的许可”的规定。
同时草案二次审议稿增加规定：食品生产加工小作坊和食品摊贩从事食品生产经营活动的具体管理办法，由省、自治区、直辖市人民代表大会常务委员会依照本法制定。
草案初审稿规定，县级以上地方人民政府对本行政区域的食品安全监督管理负总责，统一领导、协调本行政区域的食品安全监督管理工作。
有些全国人大常委会委员及一些地方提出，目负责食品安全分段监管的质量监督、工商和食品药品监管部门均实行省以下垂直管理，草案应当好地体现“权责一致”的原则。
全国人大法律委员会经同全国人大教育科学文化卫生委员会、国务院法制办研究，建议将草案此条款修改为：“县级以上地方人民政府统一组织、协调本行政区域的食品安全监督管理工作，建立健全食品安全监督管理协调机制；统一领导、指挥食品安全突发事件应对工作；建立食品安全监督管理责任制，对食品安全监督管理部门进行评议、考核。”
同时草案二次审议稿增加两款规定：“县级以上地方卫生行政、质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门在各自的职责范围内，负责本行政区域的食品安全监督管理工作。”“县级以上卫生行政、质量监督、工商行政管理、食品药品监督管理部门应当依法行使职权，承担责任。”
草案初审稿规定,国家对食品、食品添加剂和食品相关产品实行监管码制度。具体实施办法和步骤由国务院有关部门制定。初审稿还在食品生产经营、监督管理和法律责任等章中作出了相应规定。
对法律是否应当规定这一制度，一些全国人大代表、专家学者、地方人大和企业提出，监管码技术并不复杂，容易仿冒，实践中查询率低，对产品防伪作用有限；而且目前企业已广泛采用条形码，再实施监管码，企业除需要支付入网有关费用外，还涉及增加员工、设备等问题，会增加生产成本；多小型食品企业不具备入网能力，建议法律不作规定。
全国人大法律委员会经同全国人大教育科学文化卫生委员会、国务院法制办和国家质量监督检验检疫总局沟通、协商，建议删去草案初审稿中有关条款对监管码的规定。
本修改稿没有专门关于保健食品方面的内容，将保健食品视作一般食品管理，不能不说是一个明显的缺陷。理由如下：
第一，保健食品具有与一般食品显著不同的特点。既然要起保健作用，往往要加入具有改善机体功能或预防疾病的非食物添加剂，对这些添加剂的安全性必须给予特殊的关注。我国的保健食品还有一个特点，即有约60%配以中药。俗话说“是药三分毒”，即使是属于天然产物的中药，如果承认其具有防病、治病的作用，就必须同时承认其在一定条件下会有副作用。此外，保健食品也必须有适宜人群与不适宜人群。总之，保健食品的性质介于食品和药品之间，对其安全性评价、标准制定、准入以及监管等各方面也必须有异于一般食品。
第二，当前我国保健食品市场问题较大。虚假宣传、违法添加药物现象严重；多数保健食品产品没有明确的适应症和严格的标准；市场监管力度很小等。
第三，大力发展保健食品的产业有利于改变我国经济结构，拉动内需消费以及提高人民健康水平。随着人民群众生活水平的提高，人们更加关注生活与生命质量，对保健食品的需求大大增强。去年，我国保健食品的销售额已占全部食品的3%。合理开发与食用保健食品有助于预防疾病，减少医疗支出。
第四，世界各国的经验都是对保健食品实行有别于普通食品的管理，普遍通过单独立法对保健食品实行特殊管理。鉴于上述理由，建议在第九十一条中增加规定：“保健食品的管理由国务院另行制定条例进行管理”。
——全国人大常委会副委员长韩启德在全国人大常委会第四次会议分组审议食品安全法草案时说
