1、经营者素质不高，消费者自我保护意识不强。部分食品经营者法律意识淡薄，唯利是图思想严重，不注重食品质量；而有些消费者在消费时，受个人收入低等因素的制约，首先考虑的也是价格因素，忽视产品的内在品质，即便是在自身的合法权益受到损害时，大多是吃出问题不维权。
2、食品安全知识及安全意识不高，食品安全宣传的声势不大、氛围不浓。城镇居民对食品安全的认识相对较高，农村牧区群众食品安全意识较低，自我保护能力低下，间接造成了违法食品有市场需求、违法者有生存空间。
3、无公害食品生产与销售脱节。由于无公害食品科技含量高、生产成本大，加之人民群众对其认同度的不高，致使无公害食品销售渠道不畅，价格也没有明显的优势，优质得不到优价，多数生产者及经营者没有见到明显的实惠。
4、假劣食品流向城乡结合部及农村牧区。随着城市流通领域食品安全监管力度的不断加大，假冒伪劣食品难有藏身之地，一些不法商贩便利用农村牧区市场信息闭塞、农牧民消费水平低、缺乏自我保护意识等问题，将城区市场已经过期或者将要过期的食品低价倾销到农村牧区市场，致使农村牧区市场成为假冒伪劣食品的集散地；非法食品加工厂家也由城市转向农村，利用当地的廉价劳动力，继续违法生产销售假冒伪劣食品，坑害农村牧区消费者。
5、监管职能分散，协调难的问题依然存在。从“农田到餐桌”的安全食物链分属工商、卫生、质监、农牧等多个部门监管，由于这些部门管理体制不同，人、财、物的主管部门各有其主，有的在该唱主角时却当了配角，有的在该当配角时却唱了主角。
6、政府对“食品安全”经费投入不足，监管工作到位难。近年来，我国在流通领域食品安全监管方面投入经费少，一些检测设备老化，未能及时更新，另外还缺少一些必备的检测设备；抽检经费严重不足，难以及时检验食品质量的真伪，检查中经常出现一些无法认定的质量问题，大大制约了食品安全监管工作的开展。
7、食品安全监管执法难度较大。目前下岗失业人员较多，大量农村人口涌入城市使得就业压力进一步增大同时由于从事小规模的食品生产经营投入少、见效快，因此开小商店、小吃部、小作坊就成为就业的首选。有些经营户流动性大，加之所售食品来源不明，进货渠道乱，索证索票难，而且极易反弹，执法难度较大，给食品安全带来了严重隐患，特别是私屠乱宰等问题在一些地区还比较突出。
