水产养殖曾一度被认为是解决全球渔业资源衰退问题的最佳办法。1980年以来，多经济鱼类年均捕获量出现了持续的下降。据环境保护基金组织（EDF）、海洋保护组织（OC）等组织预测，如果全球捕捞强度一直维持在目前的水平，到2048年将有90%以上的食用海水鱼类濒于灭绝。为了满足人类日益增长的消费需求，各国在控制和削减捕捞强度的同时，纷纷采取措施促进本国水产养殖业的发展。但是，随着全球水产养殖规模持续扩张，养殖活动对自然环境的不良影响也越来越明显，一些专家甚至认为，水产养殖对渔业资源保护造成了更大的威胁。大量的养殖废弃物和抗生素残留污染了近岸水域，养殖品的逃逸也威胁到了野生种群的稳定与平衡。虽然一些水产养殖经营者已经意识到养殖活动对环境的影响，并开始采用更加环保的技术，但总体来说，水产养殖引发的环境问题仍呈逐渐加重的趋势。
美国是世界上最大的水产品消费国之一。2007年，美国超过日本，成为仅次于欧盟的全球第二大水产品进口国。在美国实施有机水产品认证，无疑将对全球水产养殖的可持续发展产生巨大的促进作用。美国也是较早认识到并着手解决水产养殖环境影响的国家之一，有机认证的支持者声称，由于政府对水产养殖环境问题的直接监管尚不到位，要革新水产养殖业的生产方式，必须建立一定的经济激励机制，而有机认证是最好的办法之一。
环境保护基金组织资深科学家瑞贝卡·古德伯格的观点颇具代表性：“人们愿意为了购买有机水产品而支付更高的价格，将促使水产养殖经营者愿意尝试采用新的、更加环保的养殖技术。（有机认证）虽然不能一下子就彻底改变整行业，但它却是行业变革的一个良好开端。”的确，有机认证的意义不仅在于认证本身，而在于推动了水产养殖业向着正确的方向发展。美国的有机产品市场比较成熟，消费者对有机产品的认同度较高。在乳制品等日常食品中，有机产品越来越受欢迎。因此，很多人认为，在美国实施水产养殖有机认证的时机已经基本成熟。
在水产养殖有机标准的各项具体内容上，美国国内还存在着很大的分歧。争议主要来自水产养殖的饲料、渔药使用、养殖生物逃逸等方面。
有机水产品应当投喂何种饵料？这是美国农业部有机标准局在制定认证标准过程中遇到的第一个问题。
作为对环保组织抗议的回应，有机标准局畜牧委员会提出了关于禁止在“有机”水产养殖中使用以野生水生动物为原料的鱼粉和鱼油的建议。该建议要求，从事“有机”水产养殖的经营者必须向通过有机认证的供应商购买鱼粉和鱼油。
而这个建议又带来了新的问题：目前美国水产养殖饲料用鱼粉和鱼油大部分依靠进口，而世界上大多数国家与美国一样，尚未出台水产品的有机标准，在已经对水产品实施有机认证的国家中，彼此之间的有机标准相差很大，很多国家的有机标准明显低于美国将实施的对有机水产品的要求。在7月中旬召开的一次工作会议中，标准委员会推迟了对这项建议的表决。
美国农业部有机标准局在制定认证标准过程中遇到的第二个问题是：有机水产品使用渔药的标准该如何制定？
很多环保组织要求在水产养殖有机认证中实行最严格的化学物质限制标准。如世界自然基金会（WWF）、戴维-铃木基金会（DSF）等组织举例提出：养殖鱼类（如鲑鱼）身体上生长的寄生虫（如海虱等）有可能已经对抗生素产生了抗药性，一旦他们逃逸到鱼类自然种群中，将不可避免地对自然种群造成不利影响。因此，有机水产品养殖中应禁止使用抗生素或任何其他化学类制剂。
另外，在养殖产品逃逸、废弃物处理等方面，有机标准局还没有提出切实可行的技术方案。
总体上来说，由于社会各界在具体标准方面难以形成共识，美国的水产养殖有机标准制定工作进展十分缓慢。美国的环保人士担心，由于目前时机尚不成熟，过早地推出的水产养殖有机标准将难以避免对环境的潜在破坏，降低消费者对有机产品的信心，反而不利于水产养殖业的健康发展。绿色和平组织、食品安全组织、“关注食品和水”组织（FWW）等非政府组织已经明确表示了对实施水产养殖有机认证制度的反对意见。“关注食品和水”组织的副主席帕蒂·拉沃罗声明：“我们不想以牺牲公信力为代价来将有机认证扩展到所有的食品，比如养殖水产品。”
尽管遇到了重重阻力，但美国农业部在水产养殖业推行有机认证制度的决心并没有改变。美国联邦有机标准局官员约瑟夫·斯麦利表示：“如果我们不启动对水产养殖业的有机认证，传统的水产养殖方式将不会受到任何挑战。”
对于水产养殖有机认证推行过程中出现的争论，一些环保组织表示：相对于有机标准，他们更欢迎建立一套更为全面的标准。世界自然基金会水产养殖部主任杰斯·薇乐琳强调：制定水产养殖标准时不应将焦点集中到有机标准一个方面，而是应该广泛考虑水产养殖生产的污染、外来物种入侵、鱼粉使用，以及社会经济影响等各方面的因素。世界自然基金会也于近期组织发起了有1400多名相关非政府组织和水产养殖业代表参加的“水产养殖论坛”，经过与会代表充分交换意见，已为海水和淡水不同品种养殖制定了17套标准。目前，该基金会正在致力于制定出一套涵盖生态和环境各方面影响的水产养殖标准。
总之，在水产养殖业实施有机认证制度是关系到环境保护和行业可持续发展的一件大事。美国行政主管部门、非政府组织和社会各界对这项工作都给予高度的关注。在认证标准制定过程中广泛听取各方面的意见，对于完善认证标准，提高有机认证的公信力，是十分有利的。可以预见，美国的水产养殖有机标准的制定工作在短期内还难以完成。在新标准或新的管理规定出台以前，有关的争论肯定还会继续下去。
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