在新国标中，备受关注的是微生物指标的改变，不再保留菌落总数、霉菌和酵母计数、金黄色葡萄球菌、沙门氏菌及志贺氏菌指标，新增了铜绿假单胞菌指标。“增减”引发质疑，“这是不是意味着以后不合格的水，要升级为合格的了？”
取消菌落总数指标并不意味着水质降低。菌落总数属于卫生指示菌，一般情况下不会影响公众健康。从对人体健康的影响来看，有益的（如乳酸杆菌、双歧杆菌）和有害的（致病菌）都是极少数，水中的绝大多数细菌是既无益也无害的。
而过度控制卫生指示菌和杀菌还可能带来饮用水中溴酸盐含量升高的副作用，反而构成健康风险。一位业内人士指出，过去标准中菌落总数限定较严格，为了达到标准，厂商使用臭氧杀菌。“最后菌是达到要求了，但带来的副作用就是，臭氧杀菌的副产物溴酸盐有可能升高，构成健康风险。此次取消相关指标，就是希望减少这种过度加工。”
目前国际食品法典委员会（CAC）、国际食品微生物标准委员会（ICMSF）、国际瓶装水协会（IBWA）、美国、澳大利亚和欧盟等相关标准法规中，也未对包装饮用水设立卫生指示菌指标。而且，取消菌落总数不代表对企业的生产卫生不进行监管。
专家同时解释，取消金黄色葡萄球菌、沙门氏菌及志贺氏菌指标这三个指标，是因为这么多年测下来发现，这三个致病菌几乎没有在包装饮用水中被测出来过，从风险评估的角度说，在这一类产品中不太可能发生这三类致病菌的风险，反而是铜绿假单胞菌风险监测中经常出现，所以更换了一下。
