食品、食品相关产品中危害人体健康的物质包括致病性微生物、农药残留、兽药残留、重金属、污染物质以及其他危害人体健康的物质。
微生物在医学上按照对人类和动物有无致病性，分为致病性微生物和非致病性微生物。致病性微生物包括细菌、病毒、真菌等。
农药残留问题是随着农药在农业生产中广泛使用而产生的。目前使用的农药，有些在较短时间内可以通过生物降解成为无害物质，而大部分农药难以降解，残留性强。农药进入粮食、蔬菜、水果、鱼、虾、肉、蛋、奶中，造成食物污染，危害人体健康。
兽药残留是指使用兽药后蓄积或存留于畜禽机体或产品(如鸡蛋、奶品、肉品)中的原型药物或其代谢产物，包括与兽药有关的杂质的残留。
重金属指比重大于5的金属，一般都是属于过渡元素。如铜、铅、锌、铁、钴、镍、锰、镉、汞、钨、钼、金、银，所有重金属超过一定浓度都对人体有毒。如果河流、湖泊、海洋和土壤受到重金属污染，鱼类或贝类积累重金属而为人类所食，或者重金属被稻谷、小麦等农作物所吸收被人类食用，重金属就会进入人体导致重金属中毒。
广义的污染物质包括不是有意加入食品，而是在食品生产、制造、加工、调制、处理、填充、包装、运输和贮藏等过程中，或是由于环境污染带入食品中的任何物质。
上述物质及其他危害人体健康的物质禁止人为添加到食品中，但是由于生产过程、环境污染等原因会或多或少进入食品中，最终进入人体。人体摄入的危害物质超过一定含量，就会危害人体健康。因此，必须测定一个保障人体健康允许的最大值，规定食品中各种危害物质的限量。
