在本案审理过程中，经原告中华环保联合会申请、法院予以准许，环境保护部环境规划院专家吴琼出庭，并就二氧化硫、氮氧化物、烟粉尘超标排放给大气造成的损害、污染物排放时间、污染物排放量、单位治理成本、虚拟治理成本、生态损害赔偿数额的确定以及被告投入运营设备是否会对虚拟治理成本产生影响提出专家意见。
法院审理认为，被告振华公司是环境民事公益诉讼的适格主体，原告中华环保联合会可以请求其承担停止侵害、排除妨碍、消除危险、恢复原状、赔偿损失、赔礼道歉等民事责任。
关于原告中华环保联合会要被告振华公司立即停止超标向大气排放污染物以及在省级及以上媒体向社会公开赔礼道歉的诉讼请求，于法有据。根据法院查明的事实，被告振华公司已于2015年3月27日放水停产，停止使用原厂区，可认定被告振华公司已经停止侵害。环境权益具有公共权益的属性，因被告振华公司超标向大气排放污染物，有造成环境污染损害之虞，其行为侵害了社会公共的精神性环境权益，应当承担赔礼道歉的民事责任。
关于被告振华公司应当承担的生态损害赔偿数额，原告中华环保联合会委托环境保护部环境规划院进行鉴定评估，相关鉴定评估报告虽系单方委托相应机构作出，但评估机构具有法定资质，评估事项与待证事实有关，评估依据均已经过原、被告双方的质证，具备证据的真实性、客观性、关联性，且被告振华公司未举出相反证据推翻该鉴定评估报告，法院认为该报告可以作为认定事实的依据。
根据有关规定，利用虚拟治理成本法计算得到的环境损害可以作为生态环境损害赔偿的依据。按照规定，被告振华公司所在的环境空气二类区生态损害数额为虚拟治理成本的3-5倍，法院认定按虚拟治理成本的4倍计算生态损害数额，即：2198.36万元。
关于原告中华环保联合会要求被告振华公司赔偿因超标排放污染物造成的损失780万元，由于原告中华环保联合会该项诉讼请求的权利来源是《中华人民共和国大气污染防治法》第九十九条及《中华人民共和国环境保护法》第五十九条，该两条规定的是行政处罚而非民事责任，且最高法院环境公益诉讼司法解释中并未规定惩罚性赔偿，故原告中华环保联合会该项诉讼请求法律依据不足，法院不予支持。
关于原告中华环保联合会“增设大气污染防治设施，经环境保护行政主管部门验收合格并投入使用后方可进行生产经营活动”的诉讼请求，因该项诉讼请求不属于环境民事公益诉讼司法解释规定的承担责任的方式中的任何一种，加之被告振华公司已经放水停产，原厂停止使用，另选新厂址，故对原告中华环保联合会该项诉讼请求本院不予支持。
关于原告中华环保联合会要求鉴定费、律师费及诉讼支出费用由被告振华公司承担的诉讼请求，因原告中华环保联合会已经支付鉴定费10万元，该费用确已发生，法院予以支持;对律师费40万元及诉讼支出费用1万元，原告中华环保联合会承认关于律师费仅订立委托合同，未实际支付，且未就诉讼支出1万元提交支付凭证，法院不予支持。
综上所述，德州中院依照我国《民法通则》、《侵权责任法》、《环境保护法》等有关法律规定，遂依法上述判决。宣判后，各方当事人均未口头表示是否上诉，现该案判决在法定上诉期间内。
