专利权纠纷的诉讼时效是两年，《专利法》第68条规定：“侵犯专利权的诉讼时效为二年，自专利权人或者利害关系人得知或者应当得知侵权行为之日起计算。”不过，专利侵权的诉讼时效起算点存在两种特殊情况：
(一)超过二年的起诉侵犯专利权的行为往往是连续的，有时甚至是断断续续的。如果从专利权人得知或应当得知侵权行为起二年内，专利权人未主张权利，而二年之后，侵权行为仍在继续，这时如果不能对专利权人进行保护，显然是不公平的。专利权人的请求权可以分为物权请求权和债权请求权，前者指停止侵权，从时效制度的目的出发，这类请求权本身不受诉讼时效的限制;后者指赔偿损失，当然适用诉讼时效，但是从专利权人向人民法院起诉之日起向前推算两年内的侵权损失赔偿额，仍然处于诉讼时效期间之内。为此，最高人民法院《规定二》第23条规定，权利超过二年起诉的，人民判决被告停止侵权，并支付起诉之日前推算二年内的侵权损害赔偿数额，但这种判决应满足两个前提条件：
起诉时专利权仍在有效期内。最高人民法院《规定二》的重要意义在于，明确了针对侵权行为的物权请求权(停止侵害、消除影响、返还原物、恢复原状等)不受诉讼时效限制。
(二)授权前的发明技术使用费发明专利的一项特殊之处是，授权前的临时保护，由于发明专利实行“提前公布、实质审查”，一项发明专利申请自申请日起满18个月即行公布，这时其他单位或个人完全可以实施公开的发明技术，这种行为在授权之前不视为侵权。根据《专利法》第13条规定，上述单位或个人应支付适当的费用，这就是对发明申请的临时保护措施。依照《实施细则》的有关规定，专利权人可以在授权前提出支付要求，但如果这种要求被拒绝，专利权人只有等到授权之后才能要求专利管理部门进行处理或向法院提起诉讼。由于发明专利申请公布时，实质审查可能还未开始，或者已开始但尚未结束，到授权之日往往需要2至3年甚至更长的时间。如果要求自专利权人得知或应当得知行为之日起计算时效，则完全会出现专利权人有资格起诉时已超过二年的现象。为此，《专利法》第68条第2款规定，专利权人于授权之日前得知或者应当得知的，时效自专利授权之日起计算。于是，这类诉讼的时效有两个起算点：一是专利授权之日;二是专利权人得知或应当得知行为之日，以其中的晚者为实际起算点。
