根据上海市高院的判例规定是不包括在内的。经济补偿金应以劳动者的正常工作时间工资为计算基数。但是，如果用人单位存在恶意将本应计入正常工作时间的收入计入加班工资，以达到减少正常工作时间工资和经济补偿金标准的，则应将该部分“加班工资”计入经济补偿金计算基数。
陈某于2012年9月1日进入上海某网络科技公司工作，双方签订了2年的劳动合同。由于工作性质原因，陈某在日常工作中经常存在加班情况。公司均按法律规定支付加班工资。2014年8月31日双方劳动合同到期，公司决定不与陈某续签劳动合同，并支付陈某两个月的经济补偿金。陈某对于公司在补偿金计算中剔除加班费存在异议，与公司交涉无果后，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司足额发放经济补偿金。
陈某认为：经济补偿金基数应当将其劳动合同终止前12个月的所有工资性收入计算在内，包括加班工资。
公司认为：公司方在计算陈某的经济补偿金基数时按其劳动合同终止前12个月的所有正常工作时间的工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入计算，但不计入加班费，符合法律规定。
劳动争议仲裁委员会审理后认为：合同到期后用人单位不与陈某续签劳动合同，致使双方劳动合同终止，用人单位应根据《劳动合同法》的规定支付劳动合同终止的经济补偿金。用人单位已根据法律规定支付陈某两个月的经济补偿金，现陈某要求用人单位计算经济补偿金基数时应将加班工资计算在内，补足经济补偿金的请求于法无据，不予支持。
本案是关于劳动合同解除、终止经济补偿金计算基数的问题，焦点在于是否应当将加班工资计算在经济补偿金基数内。《劳动合同法》颁布实施后，劳资双方对于经济补偿金问题尤为关注，尤其是劳动合同到期终止，用人单位不续签劳动合同的，仍旧要支付经济补偿金，这是新的规定。对经济补偿金计算基数是否应当包含加班工资的问题，《劳动合同法》和《劳动合同法实施条例》均未明确。因此，实践中也存在分歧，但上海地区大多是将员工离职前12个月的所有工资性收入计算在内，其中也包括加班工资。但这一口径在2013年发生了变化，上海市高级人民法院在2013年第1期《民事法律适用问答》中对于计算经济补偿金基数时是否应当将加班工资包括在内有了明确规定。
上海市高院认为：“第一、经济补偿从性质上看系用人单位与劳动者解除或终止劳动关系后，为弥补劳动者损失或基于用人单位所承担的社会责任而给予劳动者的补偿，故经济补偿金应以劳动者的正常工作时间工资为计算基数。第二，加班工资系劳动者提供额外劳动所获得的报酬，不属于正常工作时间内的劳动报酬。第三，从原劳动部《关于贯彻若干问题的意见》第55条和《劳动合同法实施条例》第27条规定来看，也应认为经济补偿金不包含加班费。综上，我们认为在计算经济补偿金计算基数时不应将加班工资包括在内。”
因此，根据上述上海市高院的规定，用人单位在计算员工劳动合同解除、终止的经济补偿金时不应将加班工资包括在内。但是，我们应该注意，如果用人单位存在恶意将本应计入正常工作时间的收入计入加班工资，以达到减少正常工作时间工资和经济补偿金标准的，则应将该部分“加班工资”计入经济补偿金计算基数。
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