耕地保护经济补偿的总体原则是：效益优先、兼顾公平，促进区域协调发展，为国民经济持续稳定发展和建立和谐社会奠定基础。
整体效益最优原则：包括社会、经济、生态效益最优。社会效益包括国家粮食安全、实现充分就业、人民安居乐业、和谐共处等;经济效益包括农民增产增收、区域经济发展、国民经济整体健康快速发展等;生态效益包括景观良好、生态安全等。
公平原则：粮食保护主产区耕地保护是“外部不经济性”的重灾区，因此，一种具有倾向性的补偿机制作为一种权利交易手段，能显现环境公平和正义。按照自然法的理念，每一个人应在平等范围内承担普遍的社会义务，当特定主题为大众做了某一不可期待的牺牲时，只有补偿才能使个别主题牺牲的不平等性转变为平等。由于补偿时间里在对原来利益重新分配的基础之上的，所以，补偿原则可平衡两种利益的失衡。
区域协调发展原则：通过经济补偿，减少粮食主产区由于耕地保护产生的外部性损失，为粮食主产区的经济发展和农民增收奠定一定的基础，最终促进区域协调发展。
粮食安全原则：从国家粮食安全的角度出发，确定农地农用需求，进而确定需保护的耕地面积，需提供的经济补偿。
耕地保护经济补偿的依据是：当一个区域被评定为耕地保护的优先区域并划为基本农田保护区，在现有的耕地保护制度下，意味着对该区域进行了土地利用的管制。区域土地使用受到了限制会使区域居民的福利受到两个方面的损害，一是居民可能会丧失就业的机会，减少收入来源，从而没有能力来改善生活;二是区域政府会丧失经济发展带来的税收等财政收入，没有能力提供足够的公共服务来满足区域内居民的需求，如无法改善交通运输条件、教育设施、医疗条件等。为了补偿这种损失，必须通过财政转移支付的方式，使发展受限区域的政府具有能力投资于公共福利措施，并通过减少居民的税收来补偿其损失，实现区域福利的均衡。
