原国家劳动部《关于职工工作时间有关问题的复函》第五条规定：“依据劳动部《关于企业实行不定时工作制综合计算工时工作制的审批办法》第五条的规定，综合计算工时工作制采用的是以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。也就是说，在综合计算周期内，某一具体日(或周)的实际工作时间可以超过8小时(或40小时)，但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，并应当按《劳动法》第四十四条第一款的规定支付加班工资报酬(本人工资的150%)，其中法定休假日安排劳动者工作的，按《劳动法》第四十四条第三款的规定支付工资报酬(本人工资的300%)。而且，延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时。”
实行综合计算工时工作制延长工作时间的，同样应当遵守《中华人民共和国劳动法》有关延长工作时间的规定。所以，实行综合计算工时工作制的企业，可以不受国家延长工作时间的时间限制的说法是错误的。
原国家劳动部《关于职工工作时间有关问题的复函》第七条规定：“实行综合计算工时工作制的企业，在综合计算周期内如果劳动者的实际工作时间总数超过该周期的法定标准工作时间总数，超过部分应视为延长工作时间。如果在整个综合计算周期内实际工作时间总数不超过该周期的法定标准工作时间总数，只是该综合计算周期内的某一具体日(或周、或月、或季)超过法定标准工作时间，其超过部分不应视为延长工作时间。”从劳动部的解释可知，由于综合计算工时工作制是以一定的周期来计算劳动者的工作时间的。所以，只有在整个计算周期超过法定标准工作时间总数的部分，才能作为延长工作时间。
对于实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息办法的职工，企业应当根据《劳动法》的有关规定，经与工会或职工代表大会协商，采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保职工的身体健康和休息休假权利以及企业生产、工作任务的完成。
