工程担保是最基本、最有效的风险防范手段，对于招标人来说，担保需要分阶段设置实施：招标投标阶段的投标担保;工程实施初期的预付款担保;合同执行过程中的履约担保;工程保修期保修担保。做为投标人来说，政府为保证解决拖欠工程款问题而设立的业主支付担保无疑给处于买方市场激烈竞争中的施工企业吃了一颗定心丸。这些担保做为建设工程承包合同的从属合同在招投标阶段必须精心设置。
投标担保可采用银行保函或担保公司担保书、投标保证金等方式，具体方式可由招标人在招标文件中规定。采用投标保证金的，在确定中标人后，招标人应当及时向没有中标的投标人退回其投标保证金;除不可抗拒因素外，中标人拒绝与招标人签订工程合同的，招标人可以将其投标保证金予以没收，实行合理低价中标的，也可以要求按照与第二标投标报价的差额进行赔偿;除不可抗拒因素外，招标人不与中标人签订工程合同的，招标人应当按照投标保证金的两倍返还中标人。
预付款担保是为了保证承包人因经营状况不良或某些原因挪用、转移预付款无法按合同规定完成相应工程内容而采取的措施。预付款担保在发包人支付预付款之日至发包人按合同规定向承包人收回全部工程预付款之日有效，担保额可根据预付款扣回情况而递减。
履约担保可以采用银行保函或担保公司担保书、履约保证金的方式，也可以引入承包商的同业担保，即由实力强、信誉好的承包商为其他承包商提供履约担保。
对于履约担保，如果是非业主的原因，承包商没有履行合同义务，担保人应承担其担保责任;
一是向该承包商提供资金、设备、技术援助，使其能继续履行合同义务;二是直接接管该工程或另觅经业主同意的其他承包商，负责完成合同的剩余部分，业主只按原合同支付工程款;三是按合同约定，对业主蒙受的损失进行补偿。
实行履约保证金的，应当按照《招标投标法》的规定执行。《招标投标法》第46条规定：“招标文件要求中标人提供履约保证金的，中标人应当提交。”第60条规定：“中标人不履行与招标人订立的合同的，履约保证金不予以退还，给招标人造成的损失超过履约保证金数额的，还应当对超过部分予以赔偿”。
履约担保可以实行全额担保(即合同价的100%)，也可以实行分段(一般为合同价的10—15%)滚动担保。对于一些大工程或特大工程，可以由若干担保人共同担保;担保人应当按照担保合同约定的担保份额承担担保责任，没有约定担保份额的，这些担保人承担连带责任，债权人可以要求其中任何一个担保人承担全部担保责任，而其负有担保全部债权实现的义务，并在承担担保责任后有权向债务人迫偿，或者要求其他承担连带责任的担保人清偿其应当承担的份额。担保人在工程主合同纠纷未经审判或者仲裁，并就债务人财产依法强制执行仍不能履行债务前，对债权人可以拒绝承担担保责任。中小型工程也可以由承包商实行抵押、质押担保。
在《建筑法》和《建设工程质量管理条例》中，对工程质量保修制度作了明确规定。为了保证保修责任的落实，应建立工程质量的保修担保制度。保修担保可以采用银行保函或担保公司担保书、保修保证金的方式，也可以实行承包商的同业担保，但通用最方便的方式是采用保修保证金的形式。
