在政府采购招投标活动中，保证金具体体现为投标保证金和履约保证金，但从现行的相关法律、法规、规章制度来看，对在政府采购中涉及的两种保证金在规定上不是十分明确、统一，由此造成执行上的一些混乱。
在《政府采购法》中没有规定要缴纳的投标保证金和履约保证金，只是在中华人民共和国财政部第18号令发布的《政府采购货物和服务招标投标管理办法》第三十六条规定：“招标采购单位应当在招标文件中明确投标保证金的数额，不得超过采购项目概算的百分之一。投标人投标时，应当按招标文件要求交纳投标保证金。投标保证金可以采用现金支票、银行汇票、银行保函等形式交纳。投标人未按招标文件要求交纳投标保证金的，招标采购单位应当拒绝接收投标人的投标文件。”
在政府采购的实际执行过程中，由于理解上的不同，在交纳投标保证金问题上出现了多种形式。有的招标书规定按投标额的1%交纳投标保证金，这样就出现了同一标的物，由于供应商报价不同而交纳的投标保证金数额不等，导致承担的风险也不同的情况。交纳数额大供应商的风险大，更为严重的是从交纳投标保证金数额上，泄露了投标人的投标信息，对早投标的供应商是极为不利的。有的虽然明确了投标保证金数额，但为了集聚采购规模，把采购人不同、但采购计划类同的项目放在一起招标，以采购人为单位形成分包，这样就出现了有的供应商只投标个别项目，有的是投标全部项目，但是却交纳相等的保证金的情况，这样做对供应商是不公平的。
《政府采购货物和服务招标投标管理办法》第七十五条规定：中标供应商有下列情形之一的，招标采购单位不予退还其交纳的投标保证金;情节严重的，由财政部门将其列入不良行为记录名单，在一至三年内禁止参加政府采购活动，并予以通报：(一)中标后无正当理由不与采购人或者采购代理机构签订合同的;(二)将中标项目转让给他人，或者在投标文件中未说明，且未经采购招标机构同意，将中标项目分包给他人的;(三)拒绝履行合同义务的。
从以上规定中可以看出，投标人出现违规行为，投标保证金不予退还，实质上是对投标人的一种处罚，那么招标人是否有处罚资格?是否符合相关行政法程序?而且在投标人交纳投标保证金时，招标人出具给投标人的通常是一种财务往来收据，只是证明收到了投标人的投标保证金，而一旦出现违规不予退还投标人的投标保证金时，《政府采购货物和服务招标投标管理办法》中没有明确规定，通常惯例是给投标人发一份《通知》。这对于投标人来说，在财务手续上仅凭一份《通知》列支是不符合财务制度的，对于招标人来说，仅凭一份《通知》就划转投标人的往来款又是不符合财务手续的，如果内部管理制度不健全，也是容易形成管理漏洞的。
虽然《政府采购法》和《政府采购货物和服务招标投标管理办法》都没有规定和提到交纳履约保证金，但是《政府采购法》第四条规定：政府采购的工程进行招标投标的，适用《招标投标法》。而《招标投标法》第四十六条规定：“……招标文件要求中标人提交履约保证金的，中标人应当提交。”第六十条规定：中标人不履行与招标人订立合同的义务，履约保证金不予退还，给招标人造成的损失超过履约保证金数额的，还应当对超过部分予以赔偿;没有提交履约保证金的，应当对招标人的损失承担赔偿责任。这里既没有规定交纳履约保证金的标准和方式，也没有规定退还履约保证金的时间，这样在实际执行过程中，有的地方不收取履约保证金，有的地方依据出台的管理办法不论是工程还是货物、服务都收取合同金额的10%作为履约保证金，没有一个统一的标准，致使参与政府采购的供应商无所适从，只能被动地满足招标人提出的关于履约保证金的交纳要求，使供应商的利益得不到保护。这不符合《政府采购法》中规定的公平原则。
由于政府采购包括货物、工程和服务三个部分，这样在实际工作中就既要执行《政府采购法》，又要执行《招标投标法》;既涉及投标保证金，又涉及履约保证金。但由于《政府采购法》中没有规定投标保证金，只是在《政府采购货物和服务招标投标管理办法》中对投标保证金交纳的标准、方式以及退还时间、不予退还的条件进行了明确。这里没有包括工程招投标，仅指了货物和服务招投标。《招标投标法》只是提到了履约保证金不予退还的条件，但没有明确交纳标准和方式、退还时间。从以上的叙述中可以看出，在招标中涉及到的履约保证金和投标保证金，一、规定的层次不同，即投标保证金是在管理办法中规定的，履约保证金是在招标投标法中规定的;二、内容不同，投标保证金明确了交纳标准、方式、退还时间，而履约保证金没有明确;三、法律不同，招标投标法中规定了履约保证金，政府采购货物和服务招标投标管理办法中规定了投标保证金。
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