虽然我国基金发展的历史还比较短，但在借鉴国际先进经验的基础上，我国基金管理公司已经形成了一整套比较符合国内实际的运作流程。该流程的主要环节有三个，也就是产品设计、产品销售和投资运作。
具体说来，我国国内基金管理公司目前的运作流程一般是：产品设计部门在充分研究投资者需求的基础上，设计出基金产品方案，经由中国证监会审核批准后，由市场部门组织销售，然后将募集到的基金资产交由投资部门管理。投资部门在投资决策委员会和风险控制委员会的领导下，在研究部门提供的投资分析报告基础上，遵照基金合同和有关法律规定，选择合适时机将基金资产投入股票、债券市场，努力实现基金合同规定的投资目标。
在投资部门运作基金资产的过程中，监察稽核部门对各个操作环节的合法合规性实施监督，减少基金运作的风险，同时监督基金管理公司内部的各项工作符合法律规范，确保基金的相关信息得到及时准确披露。运作保障部门为投资管理提供后台支持，主要是信息技术支持、交易资金清算核算、基金资产核算和对外信息披露等工作。综合管理部则作为基金管理公司的后勤部门，为基金管理公司的日常运作提供财务管理、人事管理、后勤保障等方面的支持。
最后，基金管理公司在日常经营管理过程中，还要接受基金托管银行的监督，确保遵循基金合同和托管协议的有关规定，合法管理和运用基金资产。
由于我国现有的投资基金都是契约型基金，基金资产的管理运用是通过基金管理公司进行的，基金本身不具有法人地位。基金管理公司在我国主要以有限责任公司的形式存在，其组织结构设置受《公司法》等相关法律规范的约束，一般设有股东会、董事会、监事会等机构。
股东会是基金管理公司的权力机构，股东会选举产生董事会，由董事会聘任公司总经理来主持日常经营管理工作，监事会负责对公司的经营管理实施监督。基金管理公司的内部通常设有研究部、投资部、市场部、监察稽核部、运作保障部和综合管理部等部门和投资决策委员会、风险控制委员会等专门委员会。
在基金内部的各个专业部门中，市场部主要负责基金销售工作。投资部则在投资决策委员会和风险控制委员会的领导下，遵照基金合同等法律规定，管理基金资产。研究部门主要进行市场、行业和公司研究，为投资提供决策支持。监察稽核部负责监督基金管理公司的各项运作是否符合法律规范。运作保障部主要为基金管理工作提供后台支持。综合管理部为基金管理公司的日常运作提供财务、人事、后勤等综合事务方面的支持。
