工程价款包括成本和酬金两个部分，成本一般包括直接费和间接费两个部分，酬金一般指利润。由双方在合同具体约定。如果双方因此发生争议，合同中的约定就是认定工程价款的依据。如果没有约定或者约定不明之认定规则同上述可调整价格之认定规则。
在上述第一种情形中固定价以外的部分以及第二种、第三种工程价款的确定方式中，由于当事人双方达不成一致，换句话说，在约定非常清楚的情况下，一方当事人就是不认可这种结果应当如何处理？对此通常的做法是由工程造价咨询单位进行审核，其审核结论就应当成为工程价款认定的依据。但是对于工程造价咨询单位出具的审核结论不予认可，如何认定工程造价？
一是可以通过县级以上人民政府建设行政主管部门进行调解，经调解达成一致，即当事人双方确定了审核结论，则该审核结论就是认定工程价款的依据；如果不予认可，则当事人一方则只能依法申请仲裁或者向法院提起诉讼来认定工程价款，不论是仲裁或诉讼程序中认定工程价款的方法一般是通过司法鉴定来实现。
对此《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》中有相应的规定。此外《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第23条还规则，当事人对部分案件事实有争议的，仅对有争议的事实进行鉴定，但争议事实范围不能确定，或者双方当事人请求对全部事实鉴定的除外。该条中的鉴定当然包括工程价款鉴定。
