但值得关注的是不能将所有问题都抛给鉴定机构，有些问题是涉及法律认定问题，不能由鉴定机构进行裁判。实践中，这些问题可分为以下几类：
第一类为涉及证据的效力问题。如原告提供的签证材料只有原告及后进场的施工队的签字，没有被告的签字，而被告提供了有原告、被告及后进场的施工队签字的签证，证明签证所涉工程事实上是由被告完成的，原告无权主张索赔。对于采用哪份证据，应由法院审定。
第二类为涉及事实认定问题。如原告主张已发生了土方外运费，但被告认为原告提供的证据不足以证明发生过土方外运。由于工程施工建设过程中，不仅要挖土方，而且也要填土方，不能仅依据施工图纸就认定发生过土方外运。因此，原告提交的汽车运输单等相关证据，是否能够认定发生了土方外运，不能由司法鉴定机构单独完成。
第三类为涉及约定效力问题。如当事人在合同或者签证中有特别约定明显高于或低于定额计价标准或市场价格，发生争议后，当事人会提出要求撤销或者改变原有约定，有的当事人甚至提出在签证上签字的总监、总工已被施工方收买。这类问题应由审判机构认定。
第四类涉及主体问题。如原告提交了与被告工程项目部签署的移交书，证明被告已认可工程质量，同意移交，无权提出质量索赔，但被告提出工程项目部不能代表被告，因此，该份移交书对被告没有约束力。这类问题应由审判机构认定。
第五类为涉及法律适用问题。如原告作为承包方要求被告承担停工损失，而现有定额没有停工损失的计算规则可以参考。法官应根据违约责任限于实际损失这一原则，予以裁判。
